RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000626119.2

COPS7A-222, Transcript of COP9 signalosome subunit 7A, human

TSL 3 BASIC

Gene COPS7A, Length 1,768 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
COPS7A-222	ENST00000626119	ZNF326	Q5BKZ1	582 aa	Known RBP	27.75	■■■□□ 2.03
COPS7A-222	ENST00000626119	PRKRIP1	Q9H875	184 aa	Predicted RBP	27.74	■■■□□ 2.03
COPS7A-222	ENST00000626119	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	27.74	■■■□□ 2.03
COPS7A-222	ENST00000626119	DCAF11	Q8TEB1	546 aa		27.73	■■■□□ 2.03
COPS7A-222	ENST00000626119	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		27.73	■■■□□ 2.03
COPS7A-222	ENST00000626119	SUPT16H	Q9Y5B9	1047 aa	Known RBP	27.73	■■■□□ 2.03
COPS7A-222	ENST00000626119	PLA2R1	Q13018	1463 aa		27.72	■■■□□ 2.03
COPS7A-222	ENST00000626119	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		27.7	■■■□□ 2.03
COPS7A-222	ENST00000626119	GRWD1	Q9BQ67	446 aa	Known RBP eCLIP	27.7	■■■□□ 2.02
COPS7A-222	ENST00000626119	FANCA	O15360	1455 aa		27.69	■■■□□ 2.02
COPS7A-222	ENST00000626119	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		27.68	■■■□□ 2.02
COPS7A-222	ENST00000626119	PRAG1	Q86YV5	1406 aa		27.67	■■■□□ 2.02
COPS7A-222	ENST00000626119	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		27.66	■■■□□ 2.02
COPS7A-222	ENST00000626119	ASXL2	Q76L83	1435 aa		27.64	■■■□□ 2.02
COPS7A-222	ENST00000626119	KDM2A	Q9Y2K7	1162 aa		27.64	■■■□□ 2.02
COPS7A-222	ENST00000626119	TRPM1	Q7Z4N2	1603 aa		27.64	■■■□□ 2.02
COPS7A-222	ENST00000626119	LAMC1	P11047	1609 aa		27.63	■■■□□ 2.01
COPS7A-222	ENST00000626119	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	27.63	■■■□□ 2.01
COPS7A-222	ENST00000626119	DEPDC5	O75140	1603 aa		27.62	■■■□□ 2.01
COPS7A-222	ENST00000626119	GPRASP1	Q5JY77	1395 aa		27.62	■■■□□ 2.01
COPS7A-222	ENST00000626119	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	27.62	■■■□□ 2.01
COPS7A-222	ENST00000626119	ATP7A	Q04656	1500 aa		27.61	■■■□□ 2.01
COPS7A-222	ENST00000626119	A2M	P01023	1474 aa		27.61	■■■□□ 2.01
COPS7A-222	ENST00000626119	AFAP1	Q8N556	730 aa		27.6	■■■□□ 2.01
COPS7A-222	ENST00000626119	ADGRL1	O94910	1474 aa		27.59	■■■□□ 2.01
COPS7A-222	ENST00000626119	STAC3	Q96MF2	364 aa		27.58	■■■□□ 2.01
COPS7A-222	ENST00000626119	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	27.58	■■■□□ 2.01
COPS7A-222	ENST00000626119	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	27.58	■■■□□ 2
COPS7A-222	ENST00000626119	HNRNPU	Q00839	825 aa	Known RBP eCLIP	27.55	■■■□□ 2
COPS7A-222	ENST00000626119	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		27.55	■■■□□ 2
COPS7A-222	ENST00000626119	KANK1	Q14678	1352 aa		27.55	■■■□□ 2
COPS7A-222	ENST00000626119	ST20-MTHFS	A0A0A6YYL1	179 aa		27.54	■■■□□ 2
COPS7A-222	ENST00000626119	TRPM2	O94759	1503 aa		27.54	■■■□□ 2
COPS7A-222	ENST00000626119	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		27.53	■■■□□ 2
COPS7A-222	ENST00000626119	PTPRT	O14522	1441 aa		27.53	■■■□□ 2
COPS7A-222	ENST00000626119	NEFL	P07196	543 aa		27.53	■■■□□ 2
COPS7A-222	ENST00000626119	MRS2	Q9HD23	443 aa		27.53	■■■□□ 2
COPS7A-222	ENST00000626119	TET3	O43151	1660 aa		27.52	■■■□□ 2
COPS7A-222	ENST00000626119	KTN1	Q86UP2	1357 aa	Known RBP	27.52	■■■□□ 2
COPS7A-222	ENST00000626119		E9PCH4	1651 aa		27.52	■■■□□ 2
COPS7A-222	ENST00000626119	RGL3	Q3MIN7	710 aa		27.51	■■□□□ 1.99
COPS7A-222	ENST00000626119	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		27.51	■■□□□ 1.99
COPS7A-222	ENST00000626119	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	27.49	■■□□□ 1.99
COPS7A-222	ENST00000626119	NEURL4	Q96JN8	1562 aa		27.48	■■□□□ 1.99
COPS7A-222	ENST00000626119	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		27.47	■■□□□ 1.99
COPS7A-222	ENST00000626119	SPHKAP	Q2M3C7	1700 aa		27.46	■■□□□ 1.99
COPS7A-222	ENST00000626119	CCDC184	Q52MB2	194 aa		27.45	■■□□□ 1.98
COPS7A-222	ENST00000626119	POLR3GL	Q9BT43	218 aa		27.44	■■□□□ 1.98
COPS7A-222	ENST00000626119	CEP152	O94986	1710 aa		27.44	■■□□□ 1.98
COPS7A-222	ENST00000626119	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	27.41	■■□□□ 1.98
COPS7A-222	ENST00000626119	FKBP8	Q14318	412 aa		27.41	■■□□□ 1.98
COPS7A-222	ENST00000626119	ZBED9	Q6R2W3	1325 aa		27.41	■■□□□ 1.98
COPS7A-222	ENST00000626119	CD109	Q6YHK3	1445 aa		27.39	■■□□□ 1.98
COPS7A-222	ENST00000626119	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		27.39	■■□□□ 1.98
COPS7A-222	ENST00000626119	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		27.39	■■□□□ 1.97
COPS7A-222	ENST00000626119	KIF3B	O15066	747 aa		27.38	■■□□□ 1.97
COPS7A-222	ENST00000626119	RALBP1	Q15311	655 aa		27.38	■■□□□ 1.97
COPS7A-222	ENST00000626119	FAM9B	Q8IZU0	186 aa		27.38	■■□□□ 1.97
COPS7A-222	ENST00000626119	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		27.37	■■□□□ 1.97
COPS7A-222	ENST00000626119	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	27.37	■■□□□ 1.97
COPS7A-222	ENST00000626119	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		27.36	■■□□□ 1.97
COPS7A-222	ENST00000626119	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		27.36	■■□□□ 1.97
COPS7A-222	ENST00000626119	MADD	Q8WXG6	1647 aa		27.35	■■□□□ 1.97
COPS7A-222	ENST00000626119	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		27.35	■■□□□ 1.97
COPS7A-222	ENST00000626119	CLTCL1	P53675	1640 aa		27.35	■■□□□ 1.97
COPS7A-222	ENST00000626119	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		27.34	■■□□□ 1.97
COPS7A-222	ENST00000626119	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		27.33	■■□□□ 1.97
COPS7A-222	ENST00000626119	TESK2	Q96S53	571 aa		27.32	■■□□□ 1.96
COPS7A-222	ENST00000626119	EFCAB6	Q5THR3	1501 aa		27.31	■■□□□ 1.96
COPS7A-222	ENST00000626119	TMF1	P82094	1093 aa		27.3	■■□□□ 1.96
COPS7A-222	ENST00000626119	BRD4	O60885	1362 aa	Predicted RBP	27.3	■■□□□ 1.96
COPS7A-222	ENST00000626119	NEO1	Q92859	1461 aa		27.3	■■□□□ 1.96
COPS7A-222	ENST00000626119	MYBBP1A	Q9BQG0	1328 aa	Known RBP	27.29	■■□□□ 1.96
COPS7A-222	ENST00000626119	ERICH6B	Q5W0A0	696 aa		27.28	■■□□□ 1.96
COPS7A-222	ENST00000626119	KIAA1210	Q9ULL0	1709 aa		27.28	■■□□□ 1.96
COPS7A-222	ENST00000626119	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		27.26	■■□□□ 1.95
COPS7A-222	ENST00000626119	TMC1	Q8TDI8	760 aa		27.25	■■□□□ 1.95
COPS7A-222	ENST00000626119	IQGAP1	P46940	1657 aa		27.25	■■□□□ 1.95
COPS7A-222	ENST00000626119	MYOM2	P54296	1465 aa		27.23	■■□□□ 1.95
COPS7A-222	ENST00000626119	SCAF11	Q99590	1463 aa	Known RBP	27.23	■■□□□ 1.95
COPS7A-222	ENST00000626119	SLC24A1	O60721	1099 aa		27.23	■■□□□ 1.95
COPS7A-222	ENST00000626119	PNISR	Q8TF01	805 aa	Known RBP	27.23	■■□□□ 1.95
COPS7A-222	ENST00000626119	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		27.22	■■□□□ 1.95
COPS7A-222	ENST00000626119	PER1	O15534	1290 aa	Predicted RBP	27.21	■■□□□ 1.95
COPS7A-222	ENST00000626119	CDCA8	Q53HL2	280 aa		27.21	■■□□□ 1.95
COPS7A-222	ENST00000626119	DISP3	Q9P2K9	1392 aa		27.21	■■□□□ 1.95
COPS7A-222	ENST00000626119	KIF1B	O60333	1816 aa		27.2	■■□□□ 1.94
COPS7A-222	ENST00000626119	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	27.19	■■□□□ 1.94
COPS7A-222	ENST00000626119	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	27.19	■■□□□ 1.94
COPS7A-222	ENST00000626119	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	27.18	■■□□□ 1.94
COPS7A-222	ENST00000626119	NLRP13	Q86W25	1043 aa		27.17	■■□□□ 1.94
COPS7A-222	ENST00000626119	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		27.16	■■□□□ 1.94
COPS7A-222	ENST00000626119	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		27.16	■■□□□ 1.94
COPS7A-222	ENST00000626119	BCAN	Q96GW7	911 aa		27.14	■■□□□ 1.93
COPS7A-222	ENST00000626119	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	27.13	■■□□□ 1.93
COPS7A-222	ENST00000626119	INSR	P06213	1382 aa		27.12	■■□□□ 1.93
COPS7A-222	ENST00000626119	IFT172	Q9UG01	1749 aa		27.11	■■□□□ 1.93
COPS7A-222	ENST00000626119	ABCA6	Q8N139	1617 aa		27.1	■■□□□ 1.93
COPS7A-222	ENST00000626119	NRXN1	Q9ULB1	1477 aa		27.1	■■□□□ 1.93
COPS7A-222	ENST00000626119	GLI2	P10070	1586 aa		27.09	■■□□□ 1.93

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 12.1 ms