RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000550996.1

CS-222, Transcript of citrate synthase, human

TSL 2

Gene CS, Length 718 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CS-222	ENST00000550996	PTPRK	Q15262	1439 aa		32.34	■■■□□ 2.77
CS-222	ENST00000550996	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	32.33	■■■□□ 2.77
CS-222	ENST00000550996	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		32.32	■■■□□ 2.76
CS-222	ENST00000550996	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		32.32	■■■□□ 2.76
CS-222	ENST00000550996	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		32.31	■■■□□ 2.76
CS-222	ENST00000550996	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	32.31	■■■□□ 2.76
CS-222	ENST00000550996	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		32.31	■■■□□ 2.76
CS-222	ENST00000550996	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		32.29	■■■□□ 2.76
CS-222	ENST00000550996	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	32.29	■■■□□ 2.76
CS-222	ENST00000550996	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		32.27	■■■□□ 2.76
CS-222	ENST00000550996	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		32.26	■■■□□ 2.76
CS-222	ENST00000550996	NCOA1	Q15788	1441 aa		32.25	■■■□□ 2.75
CS-222	ENST00000550996	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		32.24	■■■□□ 2.75
CS-222	ENST00000550996	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		32.23	■■■□□ 2.75
CS-222	ENST00000550996	ADGRL2	O95490	1459 aa		32.23	■■■□□ 2.75
CS-222	ENST00000550996	ABCC3	O15438	1527 aa		32.22	■■■□□ 2.75
CS-222	ENST00000550996	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	32.21	■■■□□ 2.75
CS-222	ENST00000550996	PZP	P20742	1482 aa		32.21	■■■□□ 2.75
CS-222	ENST00000550996	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		32.17	■■■□□ 2.74
CS-222	ENST00000550996	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	32.14	■■■□□ 2.74
CS-222	ENST00000550996	STRC	Q7RTU9	1775 aa		32.13	■■■□□ 2.73
CS-222	ENST00000550996	TNR	Q92752	1358 aa		32.12	■■■□□ 2.73
CS-222	ENST00000550996	ZC3H13	Q5T200	1668 aa	Known RBP	32.11	■■■□□ 2.73
CS-222	ENST00000550996	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	32.11	■■■□□ 2.73
CS-222	ENST00000550996	ZNF142	P52746	1687 aa	Predicted RBP	32.1	■■■□□ 2.73
CS-222	ENST00000550996	DEPDC5	O75140	1603 aa		32.09	■■■□□ 2.73
CS-222	ENST00000550996	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	32.07	■■■□□ 2.73
CS-222	ENST00000550996	CEP152	O94986	1710 aa		32.07	■■■□□ 2.72
CS-222	ENST00000550996	GRWD1	Q9BQ67	446 aa	Known RBP eCLIP	32.06	■■■□□ 2.72	6e-9	■□□□□ 10
CS-222	ENST00000550996	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		32.06	■■■□□ 2.72
CS-222	ENST00000550996	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		32.05	■■■□□ 2.72
CS-222	ENST00000550996	ANKRD50	Q9ULJ7	1429 aa		32.04	■■■□□ 2.72
CS-222	ENST00000550996	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	32.02	■■■□□ 2.72
CS-222	ENST00000550996	ROCK1	Q13464	1354 aa		32.02	■■■□□ 2.72
CS-222	ENST00000550996	ERVK-7	P63135	1459 aa		32.02	■■■□□ 2.72
CS-222	ENST00000550996	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		32.02	■■■□□ 2.72
CS-222	ENST00000550996	SPATA31D1	Q6ZQQ2	1576 aa		32.01	■■■□□ 2.71
CS-222	ENST00000550996	ITGAE	P38570	1179 aa		32	■■■□□ 2.71
CS-222	ENST00000550996	ARHGAP31	Q2M1Z3	1444 aa		31.99	■■■□□ 2.71
CS-222	ENST00000550996	PLA2R1	Q13018	1463 aa		31.97	■■■□□ 2.71
CS-222	ENST00000550996	PTPRT	O14522	1441 aa		31.97	■■■□□ 2.71
CS-222	ENST00000550996	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		31.97	■■■□□ 2.71
CS-222	ENST00000550996	KANK1	Q14678	1352 aa		31.96	■■■□□ 2.71
CS-222	ENST00000550996	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		31.96	■■■□□ 2.71
CS-222	ENST00000550996	DMRT2	Q9Y5R5	561 aa		31.96	■■■□□ 2.71
CS-222	ENST00000550996	NLRP1	Q9C000	1473 aa		31.96	■■■□□ 2.71
CS-222	ENST00000550996	ILDR1	Q86SU0	546 aa	Predicted RBP	31.92	■■■□□ 2.7
CS-222	ENST00000550996	PKD2	Q13563	968 aa		31.87	■■■□□ 2.69
CS-222	ENST00000550996	UGGT1	Q9NYU2	1555 aa		31.86	■■■□□ 2.69
CS-222	ENST00000550996	EFCAB6	Q5THR3	1501 aa		31.85	■■■□□ 2.69
CS-222	ENST00000550996	CFAP65	Q6ZU64	1925 aa	Known RBP	31.85	■■■□□ 2.69
CS-222	ENST00000550996	UNC13B	O14795	1591 aa		31.84	■■■□□ 2.69
CS-222	ENST00000550996	THEMIS	Q8N1K5	641 aa	Predicted RBP	31.81	■■■□□ 2.68
CS-222	ENST00000550996	NEURL4	Q96JN8	1562 aa		31.79	■■■□□ 2.68
CS-222	ENST00000550996	NOS1	P29475	1434 aa		31.78	■■■□□ 2.68
CS-222	ENST00000550996	CERK	Q8TCT0	537 aa		31.78	■■■□□ 2.68
CS-222	ENST00000550996	SYNM	O15061	1565 aa		31.77	■■■□□ 2.68
CS-222	ENST00000550996	LTBP4	Q8N2S1	1624 aa		31.75	■■■□□ 2.67
CS-222	ENST00000550996	TET3	O43151	1660 aa		31.73	■■■□□ 2.67
CS-222	ENST00000550996	ANKLE2	Q86XL3	938 aa		31.73	■■■□□ 2.67
CS-222	ENST00000550996	FBXO41	Q8TF61	875 aa		31.73	■■■□□ 2.67
CS-222	ENST00000550996	UBR1	Q8IWV7	1749 aa		31.72	■■■□□ 2.67
CS-222	ENST00000550996	NAIP	Q13075	1403 aa		31.72	■■■□□ 2.67
CS-222	ENST00000550996	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	31.72	■■■□□ 2.67
CS-222	ENST00000550996	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	31.71	■■■□□ 2.67
CS-222	ENST00000550996	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	31.71	■■■□□ 2.67
CS-222	ENST00000550996	NUP155	O75694	1391 aa		31.7	■■■□□ 2.67
CS-222	ENST00000550996	IDI1	Q13907	227 aa		31.7	■■■□□ 2.67
CS-222	ENST00000550996	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		31.7	■■■□□ 2.66
CS-222	ENST00000550996	PIK3C2B	O00750	1634 aa		31.69	■■■□□ 2.66
CS-222	ENST00000550996	MED14	O60244	1454 aa		31.67	■■■□□ 2.66
CS-222	ENST00000550996	ARHGAP23	Q9P227	1491 aa		31.66	■■■□□ 2.66
CS-222	ENST00000550996	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		31.65	■■■□□ 2.66
CS-222	ENST00000550996	NPHP4	O75161	1426 aa	Predicted RBP	31.65	■■■□□ 2.66
CS-222	ENST00000550996	SLIT1	O75093	1534 aa		31.64	■■■□□ 2.66
CS-222	ENST00000550996	HFM1	A2PYH4	1435 aa		31.63	■■■□□ 2.65
CS-222	ENST00000550996		E9PCH4	1651 aa		31.63	■■■□□ 2.65
CS-222	ENST00000550996	LTK	P29376	864 aa		31.62	■■■□□ 2.65
CS-222	ENST00000550996	SLC52A1	Q9NWF4	448 aa		31.6	■■■□□ 2.65
CS-222	ENST00000550996	SCAF11	Q99590	1463 aa	Known RBP	31.59	■■■□□ 2.65
CS-222	ENST00000550996	TMEM2	Q9UHN6	1383 aa		31.59	■■■□□ 2.65
CS-222	ENST00000550996	ADGRB3	O60242	1522 aa		31.57	■■■□□ 2.64
CS-222	ENST00000550996	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		31.56	■■■□□ 2.64
CS-222	ENST00000550996	KDM5A	P29375	1690 aa	Known RBP	31.55	■■■□□ 2.64
CS-222	ENST00000550996	IQGAP1	P46940	1657 aa		31.55	■■■□□ 2.64
CS-222	ENST00000550996	TXNDC2	Q86VQ3	553 aa		31.55	■■■□□ 2.64
CS-222	ENST00000550996	EID1	Q9Y6B2	187 aa		31.48	■■■□□ 2.63
CS-222	ENST00000550996	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		31.47	■■■□□ 2.63
CS-222	ENST00000550996	TMEM131L	A2VDJ0	1609 aa		31.46	■■■□□ 2.63
CS-222	ENST00000550996	ZFYVE9	O95405	1425 aa		31.44	■■■□□ 2.62
CS-222	ENST00000550996	TRIM52	Q96A61	297 aa		31.41	■■■□□ 2.62
CS-222	ENST00000550996	CPS1	P31327	1500 aa		31.4	■■■□□ 2.62
CS-222	ENST00000550996	MYO5B	Q9ULV0	1848 aa		31.4	■■■□□ 2.62
CS-222	ENST00000550996	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	31.38	■■■□□ 2.61
CS-222	ENST00000550996	RIMS2	Q9UQ26	1411 aa		31.38	■■■□□ 2.61
CS-222	ENST00000550996	SPHKAP	Q2M3C7	1700 aa		31.37	■■■□□ 2.61
CS-222	ENST00000550996	STRCP1	A6NGW2	1772 aa		31.37	■■■□□ 2.61
CS-222	ENST00000550996	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	31.32	■■■□□ 2.6
CS-222	ENST00000550996	TRPM2	O94759	1503 aa		31.31	■■■□□ 2.6
CS-222	ENST00000550996	SLC26A8	Q96RN1	970 aa		31.31	■■■□□ 2.6

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