RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496298.5

USP40-217, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 2

Gene USP40, Length 665 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-217ENST00000496298 KDM5DQ9BY66 1539 aa30.27■■■□□ 2.44
USP40-217ENST00000496298 RNF17Q9BXT8 1623 aaKnown RBP30.26■■■□□ 2.44
USP40-217ENST00000496298 EIF2AK4Q9P2K8 1649 aaKnown RBP30.26■■■□□ 2.44
USP40-217ENST00000496298 DMRT2Q9Y5R5 561 aa30.25■■■□□ 2.43
USP40-217ENST00000496298 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP30.24■■■□□ 2.43
USP40-217ENST00000496298 MYO3AQ8NEV4 1616 aa30.24■■■□□ 2.43
USP40-217ENST00000496298 ZNF142P52746 1687 aaPredicted RBP30.23■■■□□ 2.43
USP40-217ENST00000496298 DUOX2Q9NRD8 1548 aa30.22■■■□□ 2.43
USP40-217ENST00000496298 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa30.22■■■□□ 2.43
USP40-217ENST00000496298 DAPK1P53355 1430 aa30.21■■■□□ 2.43
USP40-217ENST00000496298 NCOA1Q15788 1441 aa30.2■■■□□ 2.42
USP40-217ENST00000496298 PZPP20742 1482 aa30.19■■■□□ 2.42
USP40-217ENST00000496298 PTPRTO14522 1441 aa30.18■■■□□ 2.42
USP40-217ENST00000496298 CEP170BQ9Y4F5 1589 aaPredicted RBP30.17■■■□□ 2.42
USP40-217ENST00000496298 CAMSAP1Q5T5Y3 1602 aa30.16■■■□□ 2.42
USP40-217ENST00000496298 MROH1Q8NDA8 1641 aa30.16■■■□□ 2.42
USP40-217ENST00000496298 ZC3H13Q5T200 1668 aaKnown RBP30.15■■■□□ 2.42
USP40-217ENST00000496298 FBXO41Q8TF61 875 aa30.15■■■□□ 2.42
USP40-217ENST00000496298 KIF15Q9NS87 1388 aa30.15■■■□□ 2.42
USP40-217ENST00000496298 FBXO31Q5XUX0 539 aaPredicted RBP30.13■■■□□ 2.41
USP40-217ENST00000496298 ABCC3O15438 1527 aa30.12■■■□□ 2.41
USP40-217ENST00000496298 ERBINQ96RT1 1412 aa30.12■■■□□ 2.41
USP40-217ENST00000496298 A2ML1A8K2U0 1454 aa30.12■■■□□ 2.41
USP40-217ENST00000496298 PLA2R1Q13018 1463 aa30.11■■■□□ 2.41
USP40-217ENST00000496298 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa30.1■■■□□ 2.41
USP40-217ENST00000496298 TNRQ92752 1358 aa30.1■■■□□ 2.41
USP40-217ENST00000496298 CERKQ8TCT0 537 aa30.07■■■□□ 2.4
USP40-217ENST00000496298 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa30.06■■■□□ 2.4
USP40-217ENST00000496298 PRDM15P57071 1507 aaPredicted RBP30.05■■■□□ 2.4
USP40-217ENST00000496298 CEP152O94986 1710 aa30.05■■■□□ 2.4
USP40-217ENST00000496298 DEPDC5O75140 1603 aa30.04■■■□□ 2.4
USP40-217ENST00000496298 ADGRL2O95490 1459 aa30.04■■■□□ 2.4
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USP40-217ENST00000496298 CHIC2Q9UKJ5 165 aa30.02■■■□□ 2.4
USP40-217ENST00000496298 SPATA31D1Q6ZQQ2 1576 aa30.02■■■□□ 2.4
USP40-217ENST00000496298 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa30.01■■■□□ 2.4
USP40-217ENST00000496298 NLRP1Q9C000 1473 aa30.01■■■□□ 2.4
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USP40-217ENST00000496298 ARHGAP31Q2M1Z3 1444 aa29.97■■■□□ 2.39
USP40-217ENST00000496298 ERVK-7P63135 1459 aa29.96■■■□□ 2.39
USP40-217ENST00000496298 LTBP4Q8N2S1 1624 aa29.95■■■□□ 2.38
USP40-217ENST00000496298 CFAP65Q6ZU64 1925 aaKnown RBP29.94■■■□□ 2.38
USP40-217ENST00000496298 VWDEQ8N2E2 1590 aa29.93■■■□□ 2.38
USP40-217ENST00000496298 UGGT1Q9NYU2 1555 aa29.91■■■□□ 2.38
USP40-217ENST00000496298 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP29.91■■■□□ 2.38
USP40-217ENST00000496298 POLR1AO95602 1720 aaPredicted RBP29.91■■■□□ 2.38
USP40-217ENST00000496298 LMTK2Q8IWU2 1503 aa29.9■■■□□ 2.38
USP40-217ENST00000496298 KANK1Q14678 1352 aa29.9■■■□□ 2.38
USP40-217ENST00000496298 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP29.88■■■□□ 2.37
USP40-217ENST00000496298 NEURL4Q96JN8 1562 aa29.86■■■□□ 2.37
USP40-217ENST00000496298 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP29.86■■■□□ 2.37
USP40-217ENST00000496298 ANKRD50Q9ULJ7 1429 aa29.85■■■□□ 2.37
USP40-217ENST00000496298 IQSEC2Q5JU85 1478 aa29.82■■■□□ 2.36
USP40-217ENST00000496298 ROCK1Q13464 1354 aa29.82■■■□□ 2.36
USP40-217ENST00000496298 ANKLE2Q86XL3 938 aa29.82■■■□□ 2.36
USP40-217ENST00000496298 UBR1Q8IWV7 1749 aa29.81■■■□□ 2.36
USP40-217ENST00000496298 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP29.8■■■□□ 2.36
USP40-217ENST00000496298 MED14O60244 1454 aa29.8■■■□□ 2.36
USP40-217ENST00000496298 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP29.79■■■□□ 2.36
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USP40-217ENST00000496298 NPHP4O75161 1426 aaPredicted RBP29.72■■■□□ 2.35
USP40-217ENST00000496298 NOS1P29475 1434 aa29.71■■■□□ 2.35
USP40-217ENST00000496298 KDM5AP29375 1690 aaKnown RBP29.71■■■□□ 2.35
USP40-217ENST00000496298 PIK3C2BO00750 1634 aa29.71■■■□□ 2.35
USP40-217ENST00000496298 ARHGAP23Q9P227 1491 aa29.7■■■□□ 2.35
USP40-217ENST00000496298 SLIT1O75093 1534 aa29.7■■■□□ 2.34
USP40-217ENST00000496298 SYNMO15061 1565 aa29.69■■■□□ 2.34
USP40-217ENST00000496298 RPRD2Q5VT52 1461 aaKnown RBP29.69■■■□□ 2.34
USP40-217ENST00000496298 TET3O43151 1660 aa29.69■■■□□ 2.34
USP40-217ENST00000496298 IQGAP1P46940 1657 aa29.69■■■□□ 2.34
USP40-217ENST00000496298 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP29.68■■■□□ 2.34
USP40-217ENST00000496298 GCC2Q8IWJ2 1684 aa29.66■■■□□ 2.34
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USP40-217ENST00000496298 SCAF11Q99590 1463 aaKnown RBP29.63■■■□□ 2.33
USP40-217ENST00000496298 CPS1P31327 1500 aa29.63■■■□□ 2.33
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USP40-217ENST00000496298 LTKP29376 864 aa29.6■■■□□ 2.33
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USP40-217ENST00000496298 ADGRB3O60242 1522 aa29.55■■■□□ 2.32
USP40-217ENST00000496298 STRCP1A6NGW2 1772 aa29.53■■■□□ 2.32
USP40-217ENST00000496298 NUP155O75694 1391 aa29.52■■■□□ 2.32
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USP40-217ENST00000496298 LRRC7Q96NW7 1537 aa29.42■■■□□ 2.3
USP40-217ENST00000496298 ZFYVE9O95405 1425 aa29.41■■■□□ 2.3
USP40-217ENST00000496298 HFM1A2PYH4 1435 aa29.37■■■□□ 2.29
USP40-217ENST00000496298 TOM1O60784 492 aa29.36■■■□□ 2.29
USP40-217ENST00000496298 RIMS2Q9UQ26 1411 aa29.35■■■□□ 2.29
USP40-217ENST00000496298 HDGFP51858 240 aaKnown RBP29.34■■■□□ 2.29
USP40-217ENST00000496298 ALKQ9UM73 1620 aa29.34■■■□□ 2.29
USP40-217ENST00000496298 SPHKAPQ2M3C7 1700 aa29.34■■■□□ 2.29
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