RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000640568.1

TSPAN9-208, Transcript of tetraspanin 9, human

TSL 5

Gene TSPAN9, Length 1,465 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TSPAN9-208	ENST00000640568	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		33.35	■■■□□ 2.93
TSPAN9-208	ENST00000640568	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		33.34	■■■□□ 2.93
TSPAN9-208	ENST00000640568	FANCA	O15360	1455 aa		33.3	■■■□□ 2.92
TSPAN9-208	ENST00000640568	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		33.28	■■■□□ 2.92
TSPAN9-208	ENST00000640568	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	33.28	■■■□□ 2.92
TSPAN9-208	ENST00000640568	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		33.27	■■■□□ 2.92
TSPAN9-208	ENST00000640568	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		33.27	■■■□□ 2.92
TSPAN9-208	ENST00000640568	NEO1	Q92859	1461 aa		33.24	■■■□□ 2.91
TSPAN9-208	ENST00000640568	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	33.22	■■■□□ 2.91
TSPAN9-208	ENST00000640568	AKNA	Q7Z591	1439 aa		33.19	■■■□□ 2.9
TSPAN9-208	ENST00000640568	MIA2	Q96PC5	1412 aa		33.19	■■■□□ 2.9
TSPAN9-208	ENST00000640568	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		33.16	■■■□□ 2.9
TSPAN9-208	ENST00000640568	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		33.15	■■■□□ 2.9
TSPAN9-208	ENST00000640568	ADGRL1	O94910	1474 aa		33.15	■■■□□ 2.9
TSPAN9-208	ENST00000640568	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		33.14	■■■□□ 2.9
TSPAN9-208	ENST00000640568	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		33.12	■■■□□ 2.89
TSPAN9-208	ENST00000640568	ABCC1	P33527	1531 aa		33.11	■■■□□ 2.89
TSPAN9-208	ENST00000640568	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		33.11	■■■□□ 2.89
TSPAN9-208	ENST00000640568	KDM6B	O15054	1643 aa		33.08	■■■□□ 2.89
TSPAN9-208	ENST00000640568	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		33.06	■■■□□ 2.88
TSPAN9-208	ENST00000640568	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		33.06	■■■□□ 2.88
TSPAN9-208	ENST00000640568	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	33.06	■■■□□ 2.88
TSPAN9-208	ENST00000640568	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	33.03	■■■□□ 2.88
TSPAN9-208	ENST00000640568	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	33.03	■■■□□ 2.88
TSPAN9-208	ENST00000640568	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		33.02	■■■□□ 2.88
TSPAN9-208	ENST00000640568	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	33.01	■■■□□ 2.88
TSPAN9-208	ENST00000640568	RICTOR	Q6R327	1708 aa		32.99	■■■□□ 2.87
TSPAN9-208	ENST00000640568	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	32.99	■■■□□ 2.87
TSPAN9-208	ENST00000640568	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		32.98	■■■□□ 2.87
TSPAN9-208	ENST00000640568	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	32.98	■■■□□ 2.87
TSPAN9-208	ENST00000640568	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		32.96	■■■□□ 2.87
TSPAN9-208	ENST00000640568	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		32.95	■■■□□ 2.87
TSPAN9-208	ENST00000640568	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	32.94	■■■□□ 2.86
TSPAN9-208	ENST00000640568	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		32.94	■■■□□ 2.86
TSPAN9-208	ENST00000640568	RAPGEF3	O95398	923 aa		32.93	■■■□□ 2.86
TSPAN9-208	ENST00000640568	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		32.92	■■■□□ 2.86
TSPAN9-208	ENST00000640568	MBD5	Q9P267	1494 aa		32.92	■■■□□ 2.86
TSPAN9-208	ENST00000640568	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		32.91	■■■□□ 2.86
TSPAN9-208	ENST00000640568	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		32.91	■■■□□ 2.86
TSPAN9-208	ENST00000640568	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		32.91	■■■□□ 2.86
TSPAN9-208	ENST00000640568	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	32.89	■■■□□ 2.86
TSPAN9-208	ENST00000640568	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	32.89	■■■□□ 2.86
TSPAN9-208	ENST00000640568	AFAP1	Q8N556	730 aa		32.87	■■■□□ 2.85
TSPAN9-208	ENST00000640568	KDM5C	P41229	1560 aa		32.87	■■■□□ 2.85
TSPAN9-208	ENST00000640568	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		32.86	■■■□□ 2.85
TSPAN9-208	ENST00000640568	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		32.85	■■■□□ 2.85
TSPAN9-208	ENST00000640568	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		32.83	■■■□□ 2.85
TSPAN9-208	ENST00000640568	DAPK1	P53355	1430 aa		32.83	■■■□□ 2.85
TSPAN9-208	ENST00000640568	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		32.83	■■■□□ 2.85
TSPAN9-208	ENST00000640568	TSPY4	P0CV99	314 aa		32.82	■■■□□ 2.84
TSPAN9-208	ENST00000640568	TSPY10	P0CW01	314 aa		32.82	■■■□□ 2.84
TSPAN9-208	ENST00000640568	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	32.8	■■■□□ 2.84
TSPAN9-208	ENST00000640568	ABCC5	O15440	1437 aa		32.79	■■■□□ 2.84
TSPAN9-208	ENST00000640568	ITGAE	P38570	1179 aa		32.77	■■■□□ 2.84
TSPAN9-208	ENST00000640568	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		32.76	■■■□□ 2.84
TSPAN9-208	ENST00000640568	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		32.76	■■■□□ 2.83
TSPAN9-208	ENST00000640568	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	32.76	■■■□□ 2.83
TSPAN9-208	ENST00000640568	ATP7A	Q04656	1500 aa		32.75	■■■□□ 2.83
TSPAN9-208	ENST00000640568	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		32.75	■■■□□ 2.83
TSPAN9-208	ENST00000640568	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		32.75	■■■□□ 2.83
TSPAN9-208	ENST00000640568	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		32.75	■■■□□ 2.83
TSPAN9-208	ENST00000640568	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		32.75	■■■□□ 2.83
TSPAN9-208	ENST00000640568	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		32.74	■■■□□ 2.83
TSPAN9-208	ENST00000640568	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		32.72	■■■□□ 2.83
TSPAN9-208	ENST00000640568	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		32.72	■■■□□ 2.83
TSPAN9-208	ENST00000640568	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		32.69	■■■□□ 2.82
TSPAN9-208	ENST00000640568	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		32.68	■■■□□ 2.82
TSPAN9-208	ENST00000640568	ABCA6	Q8N139	1617 aa		32.66	■■■□□ 2.82
TSPAN9-208	ENST00000640568	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		32.65	■■■□□ 2.82
TSPAN9-208	ENST00000640568	PLXNC1	O60486	1568 aa		32.64	■■■□□ 2.82
TSPAN9-208	ENST00000640568	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		32.64	■■■□□ 2.82
TSPAN9-208	ENST00000640568	PTPRK	Q15262	1439 aa		32.63	■■■□□ 2.81
TSPAN9-208	ENST00000640568	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		32.61	■■■□□ 2.81
TSPAN9-208	ENST00000640568	ADGRL2	O95490	1459 aa		32.6	■■■□□ 2.81
TSPAN9-208	ENST00000640568	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	32.57	■■■□□ 2.8
TSPAN9-208	ENST00000640568	ATP10A	O60312	1499 aa		32.57	■■■□□ 2.8
TSPAN9-208	ENST00000640568	ROCK1	Q13464	1354 aa		32.55	■■■□□ 2.8
TSPAN9-208	ENST00000640568	NCOA1	Q15788	1441 aa		32.55	■■■□□ 2.8
TSPAN9-208	ENST00000640568	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		32.54	■■■□□ 2.8
TSPAN9-208	ENST00000640568	KIF15	Q9NS87	1388 aa		32.53	■■■□□ 2.8
TSPAN9-208	ENST00000640568	A2M	P01023	1474 aa		32.52	■■■□□ 2.8
TSPAN9-208	ENST00000640568	RERE	Q9P2R6	1566 aa		32.51	■■■□□ 2.79
TSPAN9-208	ENST00000640568	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		32.51	■■■□□ 2.79
TSPAN9-208	ENST00000640568	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	32.45	■■■□□ 2.79
TSPAN9-208	ENST00000640568	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		32.45	■■■□□ 2.79
TSPAN9-208	ENST00000640568	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	32.42	■■■□□ 2.78
TSPAN9-208	ENST00000640568	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		32.41	■■■□□ 2.78
TSPAN9-208	ENST00000640568	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		32.41	■■■□□ 2.78
TSPAN9-208	ENST00000640568	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	32.41	■■■□□ 2.78
TSPAN9-208	ENST00000640568	HFM1	A2PYH4	1435 aa		32.39	■■■□□ 2.78
TSPAN9-208	ENST00000640568	AGL	P35573	1532 aa		32.38	■■■□□ 2.77
TSPAN9-208	ENST00000640568	ANKRD50	Q9ULJ7	1429 aa		32.38	■■■□□ 2.77
TSPAN9-208	ENST00000640568	NAIP	Q13075	1403 aa		32.37	■■■□□ 2.77
TSPAN9-208	ENST00000640568	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		32.34	■■■□□ 2.77
TSPAN9-208	ENST00000640568	KIF3B	O15066	747 aa		32.33	■■■□□ 2.77
TSPAN9-208	ENST00000640568	MLEC	Q14165	292 aa		32.28	■■■□□ 2.76
TSPAN9-208	ENST00000640568	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		32.27	■■■□□ 2.76
TSPAN9-208	ENST00000640568	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	32.26	■■■□□ 2.76
TSPAN9-208	ENST00000640568	GGT6	Q6P531	493 aa		32.25	■■■□□ 2.75
TSPAN9-208	ENST00000640568	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		32.23	■■■□□ 2.75

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 46.1 ms