RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000463372.5

C9orf3-211, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, humanhuman

TSL 3

Gene C9orf3, Length 919 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
C9orf3-211ENST00000463372 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP23.81■■□□□ 1.4
C9orf3-211ENST00000463372 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa23.8■■□□□ 1.4
C9orf3-211ENST00000463372 CFAP74Q9C0B2 1584 aa23.77■■□□□ 1.4
C9orf3-211ENST00000463372 MAGI2Q86UL8 1455 aa23.76■■□□□ 1.39
C9orf3-211ENST00000463372 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP23.7■■□□□ 1.38
C9orf3-211ENST00000463372 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP23.7■■□□□ 1.38
C9orf3-211ENST00000463372 HSPA1LP34931 641 aa23.69■■□□□ 1.38
C9orf3-211ENST00000463372 HECW1Q76N89 1606 aa23.69■■□□□ 1.38
C9orf3-211ENST00000463372 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP23.68■■□□□ 1.38
C9orf3-211ENST00000463372 NCOA1Q15788 1441 aa23.67■■□□□ 1.38
C9orf3-211ENST00000463372 ATP10AO60312 1499 aa23.64■■□□□ 1.38
C9orf3-211ENST00000463372 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP23.63■■□□□ 1.37
C9orf3-211ENST00000463372 C9orf84Q5VXU9 1444 aa23.63■■□□□ 1.37
C9orf3-211ENST00000463372 C3P01024 1663 aa23.61■■□□□ 1.37
C9orf3-211ENST00000463372 PIP4K2BP78356 416 aa23.59■■□□□ 1.37
C9orf3-211ENST00000463372 CAMSAP1Q5T5Y3 1602 aa23.55■■□□□ 1.36
C9orf3-211ENST00000463372 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa23.55■■□□□ 1.36
C9orf3-211ENST00000463372 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa23.54■■□□□ 1.36
C9orf3-211ENST00000463372 P3H3Q8IVL6 736 aa23.53■■□□□ 1.36
C9orf3-211ENST00000463372 TOM1O60784 492 aa23.52■■□□□ 1.36
C9orf3-211ENST00000463372 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP23.51■■□□□ 1.35
C9orf3-211ENST00000463372 SCAPERQ9BY12 1400 aa23.5■■□□□ 1.35
C9orf3-211ENST00000463372 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa23.49■■□□□ 1.35
C9orf3-211ENST00000463372 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP23.49■■□□□ 1.35
C9orf3-211ENST00000463372 PLEKHD1A6NEE1 506 aa23.48■■□□□ 1.35
C9orf3-211ENST00000463372 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP23.44■■□□□ 1.34
C9orf3-211ENST00000463372 PKD2Q13563 968 aa23.4■■□□□ 1.34
C9orf3-211ENST00000463372 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP23.4■■□□□ 1.34
C9orf3-211ENST00000463372 MYT1LQ9UL68 1186 aa23.37■■□□□ 1.33
C9orf3-211ENST00000463372 PPP6R1Q9UPN7 881 aa23.35■■□□□ 1.33
C9orf3-211ENST00000463372 PLA2R1Q13018 1463 aa23.33■■□□□ 1.33
C9orf3-211ENST00000463372 CNTLNQ9NXG0 1405 aa23.33■■□□□ 1.32
C9orf3-211ENST00000463372 REREQ9P2R6 1566 aa23.32■■□□□ 1.32
C9orf3-211ENST00000463372 RGS17Q9UGC6 210 aaPredicted RBP23.32■■□□□ 1.32
C9orf3-211ENST00000463372 PLCH2O75038 1416 aa23.32■■□□□ 1.32
C9orf3-211ENST00000463372 NPATQ14207 1427 aa23.32■■□□□ 1.32
C9orf3-211ENST00000463372 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa23.31■■□□□ 1.32
C9orf3-211ENST00000463372 CPS1P31327 1500 aa23.31■■□□□ 1.32
C9orf3-211ENST00000463372 AGLP35573 1532 aa23.31■■□□□ 1.32
C9orf3-211ENST00000463372 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa23.31■■□□□ 1.32
C9orf3-211ENST00000463372 SAMD9Q5K651 1589 aa23.3■■□□□ 1.32
C9orf3-211ENST00000463372 PTPRKQ15262 1439 aa23.29■■□□□ 1.32
C9orf3-211ENST00000463372 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP23.29■■□□□ 1.32
C9orf3-211ENST00000463372 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP23.29■■□□□ 1.32
C9orf3-211ENST00000463372 ZNF142P52746 1687 aaPredicted RBP23.28■■□□□ 1.32
C9orf3-211ENST00000463372 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa23.26■■□□□ 1.31
C9orf3-211ENST00000463372 MROH2AA6NES4 1674 aa23.25■■□□□ 1.31
C9orf3-211ENST00000463372 MYO5CQ9NQX4 1742 aa23.25■■□□□ 1.31
C9orf3-211ENST00000463372 KDM5CP41229 1560 aa23.25■■□□□ 1.31
C9orf3-211ENST00000463372 MYO3AQ8NEV4 1616 aa23.23■■□□□ 1.31
C9orf3-211ENST00000463372 ABCA6Q8N139 1617 aa23.22■■□□□ 1.31
C9orf3-211ENST00000463372 AFAP1Q8N556 730 aa23.22■■□□□ 1.31
C9orf3-211ENST00000463372 CEP170BQ9Y4F5 1589 aaPredicted RBP23.21■■□□□ 1.31
C9orf3-211ENST00000463372 SHANK2Q9UPX8 1470 aa23.19■■□□□ 1.3
C9orf3-211ENST00000463372 PRXQ9BXM0 1461 aa23.17■■□□□ 1.3
C9orf3-211ENST00000463372 ALKQ9UM73 1620 aa23.17■■□□□ 1.3
C9orf3-211ENST00000463372 ZMYM3Q14202 1370 aa23.16■■□□□ 1.3
C9orf3-211ENST00000463372 SETD1AO15047 1707 aaKnown RBP23.16■■□□□ 1.3
C9orf3-211ENST00000463372 POTEAQ6S8J7 498 aa23.15■■□□□ 1.3
C9orf3-211ENST00000463372 POLR1AO95602 1720 aaPredicted RBP23.14■■□□□ 1.3
C9orf3-211ENST00000463372 MLH3Q9UHC1 1453 aa23.12■■□□□ 1.29
C9orf3-211ENST00000463372 ARHGAP5Q13017 1502 aa23.08■■□□□ 1.29
C9orf3-211ENST00000463372 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP23.07■■□□□ 1.28
C9orf3-211ENST00000463372 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP23.05■■□□□ 1.28
C9orf3-211ENST00000463372 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP23.03■■□□□ 1.28
C9orf3-211ENST00000463372 NEURL4Q96JN8 1562 aa23.02■■□□□ 1.28
C9orf3-211ENST00000463372 SRCAPQ6ZRS2 3230 aa23.02■■□□□ 1.28
C9orf3-211ENST00000463372 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP23.02■■□□□ 1.28
C9orf3-211ENST00000463372 VWDEQ8N2E2 1590 aa23.01■■□□□ 1.27
C9orf3-211ENST00000463372 RNF17Q9BXT8 1623 aaKnown RBP23.01■■□□□ 1.27
C9orf3-211ENST00000463372 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa23.01■■□□□ 1.27
C9orf3-211ENST00000463372 A2ML1A8K2U0 1454 aa23■■□□□ 1.27
C9orf3-211ENST00000463372 UPF1Q92900 1129 aaKnown RBP eCLIP22.96■■□□□ 1.27
C9orf3-211ENST00000463372 KIF14Q15058 1648 aa22.96■■□□□ 1.27
C9orf3-211ENST00000463372 ITSN2Q9NZM3 1697 aa22.93■■□□□ 1.26
C9orf3-211ENST00000463372 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa22.93■■□□□ 1.26
C9orf3-211ENST00000463372 ANKLE2Q86XL3 938 aa22.91■■□□□ 1.26
C9orf3-211ENST00000463372 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP22.91■■□□□ 1.26
C9orf3-211ENST00000463372 SYNMO15061 1565 aa22.9■■□□□ 1.26
C9orf3-211ENST00000463372 LRRC7Q96NW7 1537 aa22.9■■□□□ 1.26
C9orf3-211ENST00000463372 STRCP1A6NGW2 1772 aa22.89■■□□□ 1.26
C9orf3-211ENST00000463372 ABCC1P33527 1531 aa22.89■■□□□ 1.26
C9orf3-211ENST00000463372 NPHP4O75161 1426 aaPredicted RBP22.85■■□□□ 1.25
C9orf3-211ENST00000463372 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP22.85■■□□□ 1.25
C9orf3-211ENST00000463372 IQGAP1P46940 1657 aa22.84■■□□□ 1.25
C9orf3-211ENST00000463372 GGT6Q6P531 493 aa22.83■■□□□ 1.25
C9orf3-211ENST00000463372 DEPDC5O75140 1603 aa22.82■■□□□ 1.24
C9orf3-211ENST00000463372 CLIP1P30622 1438 aa22.82■■□□□ 1.24
C9orf3-211ENST00000463372 MED14O60244 1454 aa22.81■■□□□ 1.24
C9orf3-211ENST00000463372 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP22.81■■□□□ 1.242e-9■■■■■ 67.4
C9orf3-211ENST00000463372 PREX2Q70Z35 1606 aa22.8■■□□□ 1.24
C9orf3-211ENST00000463372 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP22.79■■□□□ 1.24
C9orf3-211ENST00000463372 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa22.78■■□□□ 1.24
C9orf3-211ENST00000463372 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP22.78■■□□□ 1.24
C9orf3-211ENST00000463372 TNRQ92752 1358 aa22.76■■□□□ 1.23
C9orf3-211ENST00000463372 FAM135BQ49AJ0 1406 aa22.75■■□□□ 1.23
C9orf3-211ENST00000463372 TRIM52Q96A61 297 aa22.75■■□□□ 1.23
C9orf3-211ENST00000463372 PLXNC1O60486 1568 aa22.75■■□□□ 1.23
C9orf3-211ENST00000463372 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP22.74■■□□□ 1.23
C9orf3-211ENST00000463372 XIRP1Q702N8 1843 aaKnown RBP22.72■■□□□ 1.23
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