RNA–Protein interactions for RNA: YFL003C

MSH4, Transcript of Protein involved in meiotic recombination, yeast

Gene MSH4, Length 2,637 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
MSH4	YFL003C	TGL3	P40308	642 aa		5.27	□□□□□ -1.57
MSH4	YFL003C	MST1	P07236	462 aa		5.25	□□□□□ -1.57
MSH4	YFL003C	VHR2	P40041	505 aa		5.25	□□□□□ -1.57
MSH4	YFL003C	YAP5	P40574	245 aa		5.25	□□□□□ -1.57
MSH4	YFL003C	PCS60	P38137	543 aa	Known RBP RIP-Chip data	5.24	□□□□□ -1.57	not detected
MSH4	YFL003C	SAM3	Q08986	587 aa		5.24	□□□□□ -1.57
MSH4	YFL003C	RLF2	Q12495	606 aa		5.24	□□□□□ -1.57
MSH4	YFL003C	MAK21	Q12176	1025 aa	Known RBP	5.24	□□□□□ -1.57
MSH4	YFL003C	YGR273C	P53329	174 aa		5.23	□□□□□ -1.57
MSH4	YFL003C	GUT1	P32190	709 aa		5.21	□□□□□ -1.58
MSH4	YFL003C	KEX1	P09620	729 aa		5.2	□□□□□ -1.58
MSH4	YFL003C	ILV3	P39522	585 aa	Known RBP	5.2	□□□□□ -1.58
MSH4	YFL003C	TIF4632	P39936	914 aa	Known RBP	5.19	□□□□□ -1.58
MSH4	YFL003C	KTR1	P27810	393 aa	Known RBP	5.19	□□□□□ -1.58
MSH4	YFL003C	GRE2	Q12068	342 aa	Known RBP	5.19	□□□□□ -1.58
MSH4	YFL003C	PKC1	P24583	1151 aa		5.18	□□□□□ -1.58
MSH4	YFL003C	ORC6	P38826	435 aa		5.18	□□□□□ -1.58
MSH4	YFL003C	TFB3	Q03290	321 aa		5.17	□□□□□ -1.58
MSH4	YFL003C	ATH1	P48016	1211 aa		5.16	□□□□□ -1.58
MSH4	YFL003C	HPC2	Q01448	625 aa		5.16	□□□□□ -1.58
MSH4	YFL003C	GAP1	P19145	602 aa	Predicted RBP	5.15	□□□□□ -1.58
MSH4	YFL003C	GLN1	P32288	370 aa	Known RBP	5.14	□□□□□ -1.59
MSH4	YFL003C	PSE1	P32337	1089 aa	Known RBP	5.14	□□□□□ -1.59
MSH4	YFL003C	ATF2	P53296	535 aa		5.14	□□□□□ -1.59
MSH4	YFL003C	RGR1	P19263	1082 aa		5.13	□□□□□ -1.59
MSH4	YFL003C	GYP5	Q12344	894 aa		5.13	□□□□□ -1.59
MSH4	YFL003C	YOL036W	Q08206	761 aa		5.11	□□□□□ -1.59
MSH4	YFL003C	MPH3	P0CE00	602 aa		5.1	□□□□□ -1.59
MSH4	YFL003C	RAD54	P32863	898 aa		5.1	□□□□□ -1.59
MSH4	YFL003C	MVP1	P40959	511 aa	Known RBP	5.1	□□□□□ -1.59
MSH4	YFL003C	TYW1	Q08960	810 aa	Known RBP	5.1	□□□□□ -1.59
MSH4	YFL003C	DCW1	P36091	449 aa		5.09	□□□□□ -1.59
MSH4	YFL003C	AI4	P03878	556 aa		5.09	□□□□□ -1.6
MSH4	YFL003C	SLI15	P38283	698 aa		5.09	□□□□□ -1.6
MSH4	YFL003C	SET4	P42948	560 aa		5.09	□□□□□ -1.6
MSH4	YFL003C	CSN12	P47130	423 aa		5.08	□□□□□ -1.6
MSH4	YFL003C	NIS1	P53939	407 aa		5.08	□□□□□ -1.6
MSH4	YFL003C	ATG32	P40458	529 aa		5.07	□□□□□ -1.6
MSH4	YFL003C	BIM1	P40013	344 aa		5.06	□□□□□ -1.6
MSH4	YFL003C	DAN4	P47179	1161 aa		5.05	□□□□□ -1.6
MSH4	YFL003C	SCJ1	P25303	377 aa		5.04	□□□□□ -1.6
MSH4	YFL003C	TEA1	P47988	759 aa		5.04	□□□□□ -1.6
MSH4	YFL003C	KIC1	P38692	1080 aa		5.04	□□□□□ -1.6
MSH4	YFL003C	YEL023C	P39992	682 aa		5.04	□□□□□ -1.6
MSH4	YFL003C	CDC73	Q06697	393 aa		5.04	□□□□□ -1.6
MSH4	YFL003C	ERG12	P07277	443 aa		5.03	□□□□□ -1.6
MSH4	YFL003C	FPK1	P53739	893 aa		5.03	□□□□□ -1.6
MSH4	YFL003C	SUB2	Q07478	446 aa	Known RBP	5.03	□□□□□ -1.6
MSH4	YFL003C	HTA1	P04911	132 aa	Known RBP	5.02	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	HTA2	P04912	132 aa		5.02	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	BIO2	P32451	375 aa		5.02	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	SIT4	P20604	311 aa		5.01	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	YJL007C	P47080	104 aa		5.01	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	SSA2	P10592	639 aa	Known RBP	5.01	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	RSC30	P38781	883 aa		5.01	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	HST2	P53686	357 aa		5.01	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	TIF1	P10081	395 aa	Known RBP	5	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	YJU3	P28321	313 aa		5	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	BRL1	P38770	471 aa		5	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	MSB4	Q12317	492 aa		5	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	TRP5	P00931	707 aa	Known RBP	4.99	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	PTC4	P38089	393 aa		4.99	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	YPR109W	Q06104	294 aa		4.99	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	ESS1	P22696	170 aa		4.98	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	MID1	P41821	548 aa		4.98	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	GTT3	P39996	337 aa		4.97	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	YBL029C-A	Q3E756	94 aa		4.97	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	IOC2	Q12072	812 aa		4.97	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	SUP45	P12385	437 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	VNX1	P42839	908 aa		4.96	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	HGH1	P48362	394 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	CSC1	Q06538	782 aa		4.96	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	RAD59	Q12223	238 aa		4.96	□□□□□ -1.61
MSH4	YFL003C	NOB1	Q08444	459 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	WSC3	Q12215	556 aa		4.96	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	NOP8	Q08287	484 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	YDJ1	P25491	409 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	TUM1	Q08686	304 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	YDR344C	Q05510	147 aa		4.93	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	ERF2	Q06551	359 aa		4.93	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	MPC54	Q08550	464 aa		4.93	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	MMP1	Q12372	583 aa		4.93	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	CLB5	P30283	435 aa		4.93	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	YNL108C	P53929	270 aa		4.93	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	TTI1	P36097	1038 aa		4.93	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	PKH3	Q03306	898 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	TFB4	Q12004	338 aa		4.93	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	CPS1	P27614	576 aa		4.92	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	YML020W	Q03722	664 aa		4.92	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	MRX10	Q05648	414 aa		4.92	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	SSA1	P10591	642 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	ENO2	P00925	437 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	GEF1	P37020	779 aa		4.91	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	RTG2	P32608	588 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	PML39	Q03760	334 aa		4.91	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	RDS2	P19541	446 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	YBL036C	P38197	257 aa		4.9	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	YML083C	Q04526	418 aa		4.9	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	DPL1	Q05567	589 aa		4.9	□□□□□ -1.62
MSH4	YFL003C	JIP4	Q03361	876 aa		4.9	□□□□□ -1.63

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