RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000563874.5

CLN3-210, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 3,081 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-210ENST00000563874 DDX10Q13206 875 aaKnown RBP18.94■□□□□ 0.62
CLN3-210ENST00000563874 PHLDB1Q86UU1 1377 aa18.94■□□□□ 0.62
CLN3-210ENST00000563874 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa18.92■□□□□ 0.62
CLN3-210ENST00000563874 SETD5Q9C0A6 1442 aa18.92■□□□□ 0.62
CLN3-210ENST00000563874 TIAM1Q13009 1591 aa18.92■□□□□ 0.62
CLN3-210ENST00000563874 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP18.91■□□□□ 0.62
CLN3-210ENST00000563874 BCANQ96GW7 911 aa18.89■□□□□ 0.62
CLN3-210ENST00000563874 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa18.89■□□□□ 0.61
CLN3-210ENST00000563874 TSHZ2Q9NRE2 1034 aa18.87■□□□□ 0.61
CLN3-210ENST00000563874 WDR97A6NE52 1622 aa18.86■□□□□ 0.61
CLN3-210ENST00000563874 FGD5Q6ZNL6 1462 aa18.84■□□□□ 0.61
CLN3-210ENST00000563874 MAP3K1Q13233 1512 aa18.81■□□□□ 0.6
CLN3-210ENST00000563874 CADPSQ9ULU8 1353 aa18.8■□□□□ 0.6
CLN3-210ENST00000563874 FKBP8Q14318 412 aa18.79■□□□□ 0.6
CLN3-210ENST00000563874 FHOD3Q2V2M9 1422 aa18.78■□□□□ 0.6
CLN3-210ENST00000563874 FHAD1B1AJZ9 1412 aa18.78■□□□□ 0.6
CLN3-210ENST00000563874 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP18.76■□□□□ 0.59
CLN3-210ENST00000563874 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP18.76■□□□□ 0.59
CLN3-210ENST00000563874 TRIM52Q96A61 297 aa18.75■□□□□ 0.59
CLN3-210ENST00000563874 SLC24A1O60721 1099 aa18.75■□□□□ 0.59
CLN3-210ENST00000563874 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa18.74■□□□□ 0.59
CLN3-210ENST00000563874 ERICH6Q7L0X2 663 aa18.7■□□□□ 0.58
CLN3-210ENST00000563874 BCL11AQ9H165 835 aa18.69■□□□□ 0.58
CLN3-210ENST00000563874 PRDM2Q13029 1718 aa18.69■□□□□ 0.58
CLN3-210ENST00000563874 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa18.69■□□□□ 0.58
CLN3-210ENST00000563874 ANP32CO43423 234 aa18.68■□□□□ 0.58
CLN3-210ENST00000563874 CFAP43Q8NDM7 1665 aa18.68■□□□□ 0.58
CLN3-210ENST00000563874 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa18.67■□□□□ 0.58
CLN3-210ENST00000563874 TONSLQ96HA7 1378 aa18.64■□□□□ 0.57
CLN3-210ENST00000563874 FANCD2Q9BXW9 1451 aa18.63■□□□□ 0.57
CLN3-210ENST00000563874 NEFLP07196 543 aa18.63■□□□□ 0.57
CLN3-210ENST00000563874 FYCO1Q9BQS8 1478 aa18.62■□□□□ 0.57
CLN3-210ENST00000563874 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa18.61■□□□□ 0.57
CLN3-210ENST00000563874 CCER2I3L3R5 266 aa18.6■□□□□ 0.57
CLN3-210ENST00000563874 FGD6Q6ZV73 1430 aa18.6■□□□□ 0.57
CLN3-210ENST00000563874 ANP32EQ9BTT0 268 aa18.59■□□□□ 0.57
CLN3-210ENST00000563874 MTUS2Q5JR59 1369 aa18.59■□□□□ 0.57
CLN3-210ENST00000563874 PTPRKQ15262 1439 aa18.58■□□□□ 0.56
CLN3-210ENST00000563874 CCDC18Q5T9S5 1454 aa18.57■□□□□ 0.56
CLN3-210ENST00000563874 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP18.56■□□□□ 0.56
CLN3-210ENST00000563874 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP18.55■□□□□ 0.56
CLN3-210ENST00000563874 EFCAB5A4FU69 1503 aa18.54■□□□□ 0.56
CLN3-210ENST00000563874 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa18.53■□□□□ 0.56
CLN3-210ENST00000563874 FMN1Q68DA7 1419 aa18.52■□□□□ 0.56
CLN3-210ENST00000563874 TOPBP1Q92547 1522 aa18.52■□□□□ 0.56
CLN3-210ENST00000563874 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP18.52■□□□□ 0.556e-6■■■■□ 25.1
CLN3-210ENST00000563874 NESP48681 1621 aa18.51■□□□□ 0.55
CLN3-210ENST00000563874 UACAQ9BZF9 1416 aa18.5■□□□□ 0.55
CLN3-210ENST00000563874 DNMBPQ6XZF7 1577 aa18.5■□□□□ 0.55
CLN3-210ENST00000563874 HFM1A2PYH4 1435 aa18.5■□□□□ 0.55
CLN3-210ENST00000563874 RBM19Q9Y4C8 960 aaKnown RBP18.5■□□□□ 0.55
CLN3-210ENST00000563874 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa18.49■□□□□ 0.55
CLN3-210ENST00000563874 CHIC2Q9UKJ5 165 aa18.49■□□□□ 0.55
CLN3-210ENST00000563874 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa18.48■□□□□ 0.55
CLN3-210ENST00000563874 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP18.48■□□□□ 0.55
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CLN3-210ENST00000563874 PTPN23Q9H3S7 1636 aa18.46■□□□□ 0.55
CLN3-210ENST00000563874 NCOA2Q15596 1464 aa18.45■□□□□ 0.54
CLN3-210ENST00000563874 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa18.44■□□□□ 0.54
CLN3-210ENST00000563874 MYOM3Q5VTT5 1437 aa18.43■□□□□ 0.54
CLN3-210ENST00000563874 CUL7Q14999 1698 aa18.43■□□□□ 0.54
CLN3-210ENST00000563874 HSPA5P11021 654 aaKnown RBP18.41■□□□□ 0.54
CLN3-210ENST00000563874 ARID3CA6NKF2 412 aa18.4■□□□□ 0.54
CLN3-210ENST00000563874 WASHC2AQ641Q2 1341 aa18.4■□□□□ 0.54
CLN3-210ENST00000563874 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa18.38■□□□□ 0.53
CLN3-210ENST00000563874 KDM5BQ9UGL1 1544 aa18.37■□□□□ 0.53
CLN3-210ENST00000563874 FOXD1Q16676 465 aa18.36■□□□□ 0.53
CLN3-210ENST00000563874 GRIN2BQ13224 1484 aa18.36■□□□□ 0.53
CLN3-210ENST00000563874 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP18.35■□□□□ 0.53
CLN3-210ENST00000563874 CCDC184Q52MB2 194 aa18.34■□□□□ 0.53
CLN3-210ENST00000563874 SAMD9Q5K651 1589 aa18.33■□□□□ 0.52
CLN3-210ENST00000563874 GAPVD1Q14C86 1478 aa18.32■□□□□ 0.52
CLN3-210ENST00000563874 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP18.32■□□□□ 0.52
CLN3-210ENST00000563874 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa18.32■□□□□ 0.52
CLN3-210ENST00000563874 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP18.31■□□□□ 0.521e-9■■■■□ 22.4
CLN3-210ENST00000563874 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa18.3■□□□□ 0.52
CLN3-210ENST00000563874 L3MBTL2Q969R5 705 aa18.3■□□□□ 0.52
CLN3-210ENST00000563874 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP18.3■□□□□ 0.52
CLN3-210ENST00000563874 C11orf95C9JLR9 678 aaPredicted RBP18.29■□□□□ 0.52
CLN3-210ENST00000563874 UGGT2Q9NYU1 1516 aa18.29■□□□□ 0.52
CLN3-210ENST00000563874 MPHOSPH9Q99550 1183 aa18.29■□□□□ 0.52
CLN3-210ENST00000563874 FAM9BQ8IZU0 186 aa18.28■□□□□ 0.52
CLN3-210ENST00000563874 MSH5O43196 834 aa18.27■□□□□ 0.52
CLN3-210ENST00000563874 KDM6BO15054 1643 aa18.27■□□□□ 0.51
CLN3-210ENST00000563874 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa18.25■□□□□ 0.51
CLN3-210ENST00000563874 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP18.24■□□□□ 0.51
CLN3-210ENST00000563874 ARHGEF11O15085 1522 aa18.22■□□□□ 0.51
CLN3-210ENST00000563874 CNGB1Q14028 1251 aaPredicted RBP18.22■□□□□ 0.51
CLN3-210ENST00000563874 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP18.22■□□□□ 0.51
CLN3-210ENST00000563874 CNTLNQ9NXG0 1405 aa18.22■□□□□ 0.51
CLN3-210ENST00000563874 MRS2Q9HD23 443 aa18.21■□□□□ 0.51
CLN3-210ENST00000563874 PRKRIP1Q9H875 184 aaPredicted RBP18.21■□□□□ 0.51
CLN3-210ENST00000563874 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP18.2■□□□□ 0.5
CLN3-210ENST00000563874 NBPF8Q3BBV2 869 aa18.2■□□□□ 0.5
CLN3-210ENST00000563874 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP18.19■□□□□ 0.5
CLN3-210ENST00000563874 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa18.19■□□□□ 0.5
CLN3-210ENST00000563874 CCDC7Q96M83 1385 aa18.18■□□□□ 0.5
CLN3-210ENST00000563874 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP18.18■□□□□ 0.5
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