RNA–Protein interactions for RNA: YLR132C

USB1, Transcript of Putative phosphodiesterase specific for U6 snRNA 3' end modification, yeast

Gene USB1, Length 873 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
USB1	YLR132C	OAF3	P36023	863 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	CUE2	P36075	443 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	TDP1	P38319	544 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	BIT2	P38346	545 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	DUN1	P39009	513 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	BEM4	P39011	633 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	GPP2	P40106	250 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	BAP3	P41815	604 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	NIT2	P47016	307 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	ENP2	P48234	707 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	UBC11	P52492	156 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	RPS21B	Q3E754	87 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	MLP2	P40457	1679 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	IQG1	Q12280	1495 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	HCA4	P20448	770 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	PET127	P32606	800 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	GID8	P40208	455 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	TEL2	P53038	688 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	VPS73	P53142	486 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	LEE1	Q02799	301 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	PPN1	Q04119	674 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	VBA4	Q04602	768 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	PDR15	Q04182	1529 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	GFA1	P14742	717 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	RNR1	P21524	888 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	PRP22	P24384	1145 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	IMG2	P25642	146 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	DGR2	P32330	852 aa		4.94	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	HIR1	P32479	840 aa		4.94	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	YKU70	P32807	602 aa		4.94	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	TFC4	P33339	1025 aa		4.94	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	REV7	P38927	245 aa		4.94	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	TAH11	P47112	604 aa		4.94	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	NOP15	P53927	220 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	ARO1	P08566	1588 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	BUD3	P25558	1636 aa		4.94	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	RPS17A	P02407	136 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	RPS21A	P0C0V8	87 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	RPS17B	P14127	136 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	FRS1	P15624	595 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	COX11	P19516	300 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	CBR1	P38626	284 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	PEA2	P40091	420 aa		4.93	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	PXA1	P41909	870 aa		4.93	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	SSL2	Q00578	843 aa		4.93	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	RPS9B	P05755	195 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	CDC43	P18898	376 aa		4.92	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	KIN3	P22209	435 aa		4.92	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	KIN82	P25341	720 aa		4.92	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	PLC1	P32383	869 aa		4.92	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	DAL3	P32459	195 aa		4.92	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	CCT3	P39077	534 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	YJR008W	P47085	338 aa		4.92	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	PEX8	P53248	589 aa		4.92	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	HOL1	P53389	586 aa		4.92	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	SMX3	P54999	86 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	SND1	Q04007	877 aa		4.92	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	PHM6	Q05637	104 aa		4.92	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	PEX15	Q08215	383 aa		4.92	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	CLF1	Q12309	687 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	NOP56	Q12460	504 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.92	□□□□□ -1.62	not detected
USB1	YLR132C	BNR1	P40450	1375 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	SIR3	P06701	978 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	GLN4	P13188	809 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	LYS9	P38999	446 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	VID28	P40547	921 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	RSC8	P43609	557 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	MTL1	P53214	551 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	HMO1	Q03973	246 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	YOL057W	Q08225	711 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	SLX4	Q12098	748 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	NYV1	Q12255	253 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	NDJ1	Q12366	352 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	STH1	P32597	1359 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USB1	YLR132C	PEX1	P24004	1043 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	HEM12	P32347	362 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	MVD1	P32377	396 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	PEX2	P32800	271 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	PPZ2	P33329	710 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	FAT1	P38225	669 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	SRP68	P38687	599 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	FMO1	P38866	432 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	NUP60	P39705	539 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	NOP9	P47077	666 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	TAN1	P53072	289 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	POM34	Q12445	299 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	ECM3	Q99252	613 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	HRP1	Q99383	534 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	USO1	P25386	1790 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	YNL195C	P40168	261 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	PIG2	P40187	538 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	CCT7	P42943	550 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	PAN2	P53010	1115 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	RTS3	P53289	263 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	YAP1802	P53309	568 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	NSE5	Q03718	556 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	RGC1	Q06108	1083 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	NUP157	P40064	1391 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	ENP1	P38333	483 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
USB1	YLR132C	RIX1	P38883	763 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63

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