Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQT5

EXOSC3, Exosome complex component RRP40, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 275 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC3Q9NQT5 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
EXOSC3Q9NQT5 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
EXOSC3Q9NQT5 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
EXOSC3Q9NQT5 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
EXOSC3Q9NQT5 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
EXOSC3Q9NQT5 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
EXOSC3Q9NQT5 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
EXOSC3Q9NQT5 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
EXOSC3Q9NQT5 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
EXOSC3Q9NQT5 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
EXOSC3Q9NQT5 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
EXOSC3Q9NQT5 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
EXOSC3Q9NQT5 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
EXOSC3Q9NQT5 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
EXOSC3Q9NQT5 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
EXOSC3Q9NQT5 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
EXOSC3Q9NQT5 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
EXOSC3Q9NQT5 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms