Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC27.81■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC27.78■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
PCIF1Q9H4Z3 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
PCIF1Q9H4Z3 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC27.7■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC27.68■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
PCIF1Q9H4Z3 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
PCIF1Q9H4Z3 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 94.5 ms