Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
HERPUD2Q9BSE4 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
HERPUD2Q9BSE4 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
HERPUD2Q9BSE4 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
HERPUD2Q9BSE4 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
HERPUD2Q9BSE4 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
HERPUD2Q9BSE4 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
HERPUD2Q9BSE4 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
HERPUD2Q9BSE4 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
HERPUD2Q9BSE4 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
HERPUD2Q9BSE4 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
HERPUD2Q9BSE4 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
HERPUD2Q9BSE4 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
HERPUD2Q9BSE4 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
HERPUD2Q9BSE4 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
HERPUD2Q9BSE4 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
HERPUD2Q9BSE4 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
HERPUD2Q9BSE4 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC26.43■■□□□ 1.82
HERPUD2Q9BSE4 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
HERPUD2Q9BSE4 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
HERPUD2Q9BSE4 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
HERPUD2Q9BSE4 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
HERPUD2Q9BSE4 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
HERPUD2Q9BSE4 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
HERPUD2Q9BSE4 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
HERPUD2Q9BSE4 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
HERPUD2Q9BSE4 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
HERPUD2Q9BSE4 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
HERPUD2Q9BSE4 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
HERPUD2Q9BSE4 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
HERPUD2Q9BSE4 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
HERPUD2Q9BSE4 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
HERPUD2Q9BSE4 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
HERPUD2Q9BSE4 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
HERPUD2Q9BSE4 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
HERPUD2Q9BSE4 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
HERPUD2Q9BSE4 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HERPUD2Q9BSE4 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
HERPUD2Q9BSE4 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
HERPUD2Q9BSE4 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC26.35■■□□□ 1.81
HERPUD2Q9BSE4 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
HERPUD2Q9BSE4 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
HERPUD2Q9BSE4 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
HERPUD2Q9BSE4 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
HERPUD2Q9BSE4 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
HERPUD2Q9BSE4 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
HERPUD2Q9BSE4 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
HERPUD2Q9BSE4 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC26.29■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HERPUD2Q9BSE4 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC26.26■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC26.22■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HERPUD2Q9BSE4 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms