Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
CCDC87Q9NVE4 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC33.15■■■□□ 2.9
CCDC87Q9NVE4 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC33.15■■■□□ 2.9
CCDC87Q9NVE4 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
CCDC87Q9NVE4 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC33.13■■■□□ 2.89
CCDC87Q9NVE4 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
CCDC87Q9NVE4 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
CCDC87Q9NVE4 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC33.13■■■□□ 2.89
CCDC87Q9NVE4 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC33.13■■■□□ 2.89
CCDC87Q9NVE4 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC33.13■■■□□ 2.89
CCDC87Q9NVE4 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
CCDC87Q9NVE4 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
CCDC87Q9NVE4 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC33.12■■■□□ 2.89
CCDC87Q9NVE4 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC87Q9NVE4 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC87Q9NVE4 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC87Q9NVE4 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC87Q9NVE4 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC87Q9NVE4 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC87Q9NVE4 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC87Q9NVE4 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC87Q9NVE4 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC87Q9NVE4 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC87Q9NVE4 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC87Q9NVE4 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC87Q9NVE4 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC87Q9NVE4 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC87Q9NVE4 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC87Q9NVE4 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC33.04■■■□□ 2.88
CCDC87Q9NVE4 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
CCDC87Q9NVE4 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC33.03■■■□□ 2.88
CCDC87Q9NVE4 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
CCDC87Q9NVE4 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
CCDC87Q9NVE4 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
CCDC87Q9NVE4 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.01■■■□□ 2.87
CCDC87Q9NVE4 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
CCDC87Q9NVE4 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC32.99■■■□□ 2.87
CCDC87Q9NVE4 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
CCDC87Q9NVE4 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
CCDC87Q9NVE4 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.98■■■□□ 2.87
CCDC87Q9NVE4 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
CCDC87Q9NVE4 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
CCDC87Q9NVE4 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
CCDC87Q9NVE4 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC32.96■■■□□ 2.87
CCDC87Q9NVE4 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
CCDC87Q9NVE4 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC32.95■■■□□ 2.87
CCDC87Q9NVE4 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.95■■■□□ 2.87
CCDC87Q9NVE4 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.95■■■□□ 2.87
CCDC87Q9NVE4 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC32.95■■■□□ 2.87
CCDC87Q9NVE4 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
CCDC87Q9NVE4 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.94■■■□□ 2.86
CCDC87Q9NVE4 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.93■■■□□ 2.86
CCDC87Q9NVE4 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.93■■■□□ 2.86
CCDC87Q9NVE4 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC32.93■■■□□ 2.86
CCDC87Q9NVE4 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.92■■■□□ 2.86
CCDC87Q9NVE4 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC32.91■■■□□ 2.86
CCDC87Q9NVE4 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
CCDC87Q9NVE4 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
CCDC87Q9NVE4 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
CCDC87Q9NVE4 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC32.9■■■□□ 2.86
CCDC87Q9NVE4 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.89■■■□□ 2.86
CCDC87Q9NVE4 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
CCDC87Q9NVE4 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
CCDC87Q9NVE4 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.89■■■□□ 2.86
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
CCDC87Q9NVE4 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC32.86■■■□□ 2.85
CCDC87Q9NVE4 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.86■■■□□ 2.85
CCDC87Q9NVE4 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
CCDC87Q9NVE4 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC32.86■■■□□ 2.85
CCDC87Q9NVE4 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC32.86■■■□□ 2.85
CCDC87Q9NVE4 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC32.86■■■□□ 2.85
CCDC87Q9NVE4 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
CCDC87Q9NVE4 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
CCDC87Q9NVE4 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
CCDC87Q9NVE4 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
CCDC87Q9NVE4 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
CCDC87Q9NVE4 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC32.84■■■□□ 2.85
CCDC87Q9NVE4 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
CCDC87Q9NVE4 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.84■■■□□ 2.85
CCDC87Q9NVE4 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC32.83■■■□□ 2.85
CCDC87Q9NVE4 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC32.83■■■□□ 2.85
CCDC87Q9NVE4 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC32.83■■■□□ 2.85
CCDC87Q9NVE4 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.85
CCDC87Q9NVE4 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
CCDC87Q9NVE4 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
CCDC87Q9NVE4 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC32.81■■■□□ 2.84
CCDC87Q9NVE4 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC32.81■■■□□ 2.84
CCDC87Q9NVE4 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
CCDC87Q9NVE4 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC32.8■■■□□ 2.84
CCDC87Q9NVE4 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.8■■■□□ 2.84
CCDC87Q9NVE4 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.8■■■□□ 2.84
CCDC87Q9NVE4 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
CCDC87Q9NVE4 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.8■■■□□ 2.84
CCDC87Q9NVE4 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC32.79■■■□□ 2.84
CCDC87Q9NVE4 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
CCDC87Q9NVE4 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
CCDC87Q9NVE4 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC32.78■■■□□ 2.84
CCDC87Q9NVE4 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC32.78■■■□□ 2.84
CCDC87Q9NVE4 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC32.77■■■□□ 2.84
CCDC87Q9NVE4 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79.9 ms