Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.29■■■■□ 3.4
USP47Q96K76 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC36.28■■■■□ 3.4
USP47Q96K76 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC36.27■■■■□ 3.4
USP47Q96K76 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC36.27■■■■□ 3.4
USP47Q96K76 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC36.27■■■■□ 3.4
USP47Q96K76 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.27■■■■□ 3.4
USP47Q96K76 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.27■■■■□ 3.4
USP47Q96K76 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC36.26■■■■□ 3.4
USP47Q96K76 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC36.26■■■■□ 3.4
USP47Q96K76 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
USP47Q96K76 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
USP47Q96K76 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC36.26■■■■□ 3.39
USP47Q96K76 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC36.26■■■■□ 3.39
USP47Q96K76 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC36.25■■■■□ 3.39
USP47Q96K76 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
USP47Q96K76 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC36.24■■■■□ 3.39
USP47Q96K76 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
USP47Q96K76 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC36.23■■■■□ 3.39
USP47Q96K76 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC36.23■■■■□ 3.39
USP47Q96K76 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC36.23■■■■□ 3.39
USP47Q96K76 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
USP47Q96K76 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
USP47Q96K76 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.22■■■■□ 3.39
USP47Q96K76 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC36.22■■■■□ 3.39
USP47Q96K76 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
USP47Q96K76 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
USP47Q96K76 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
USP47Q96K76 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC36.21■■■■□ 3.39
USP47Q96K76 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC36.2■■■■□ 3.39
USP47Q96K76 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC36.19■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.19■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.19■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC36.18■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC36.17■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC36.17■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.17■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC36.16■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC36.16■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC36.16■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC36.16■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC36.16■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC36.16■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC36.16■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC36.16■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC36.16■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC36.16■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC36.16■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC36.16■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.16■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC36.15■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC36.15■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC36.15■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC36.15■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC36.15■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC36.14■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC36.14■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC36.14■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.38
USP47Q96K76 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC36.12■■■■□ 3.37
USP47Q96K76 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC36.12■■■■□ 3.37
USP47Q96K76 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC36.11■■■■□ 3.37
USP47Q96K76 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.11■■■■□ 3.37
USP47Q96K76 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC36.11■■■■□ 3.37
USP47Q96K76 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC36.1■■■■□ 3.37
USP47Q96K76 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
USP47Q96K76 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
USP47Q96K76 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
USP47Q96K76 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
USP47Q96K76 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
USP47Q96K76 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC36.07■■■■□ 3.36
USP47Q96K76 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC36.07■■■■□ 3.36
USP47Q96K76 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC36.07■■■■□ 3.36
USP47Q96K76 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
USP47Q96K76 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
USP47Q96K76 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC36.06■■■■□ 3.36
USP47Q96K76 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.05■■■■□ 3.36
USP47Q96K76 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC36.05■■■■□ 3.36
USP47Q96K76 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
USP47Q96K76 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC36.05■■■■□ 3.36
USP47Q96K76 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC36.04■■■■□ 3.36
USP47Q96K76 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
USP47Q96K76 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
USP47Q96K76 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
USP47Q96K76 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.36
USP47Q96K76 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC36.01■■■■□ 3.35
USP47Q96K76 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC36■■■■□ 3.35
USP47Q96K76 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC36■■■■□ 3.35
USP47Q96K76 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.3 ms