Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHD9Q3L8U1 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHD9Q3L8U1 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CHD9Q3L8U1 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CHD9Q3L8U1 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
CHD9Q3L8U1 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CHD9Q3L8U1 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CHD9Q3L8U1 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CHD9Q3L8U1 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CHD9Q3L8U1 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CHD9Q3L8U1 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CHD9Q3L8U1 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CHD9Q3L8U1 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CHD9Q3L8U1 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC27.89■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CHD9Q3L8U1 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHD9Q3L8U1 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHD9Q3L8U1 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHD9Q3L8U1 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHD9Q3L8U1 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHD9Q3L8U1 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHD9Q3L8U1 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CHD9Q3L8U1 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
CHD9Q3L8U1 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
CHD9Q3L8U1 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHD9Q3L8U1 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHD9Q3L8U1 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHD9Q3L8U1 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHD9Q3L8U1 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
CHD9Q3L8U1 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CHD9Q3L8U1 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
CHD9Q3L8U1 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
CHD9Q3L8U1 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CHD9Q3L8U1 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CHD9Q3L8U1 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
CHD9Q3L8U1 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CHD9Q3L8U1 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CHD9Q3L8U1 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CHD9Q3L8U1 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CHD9Q3L8U1 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CHD9Q3L8U1 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CHD9Q3L8U1 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CHD9Q3L8U1 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CHD9Q3L8U1 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CHD9Q3L8U1 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CHD9Q3L8U1 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CHD9Q3L8U1 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CHD9Q3L8U1 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CHD9Q3L8U1 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37 ms