Protein–RNA interactions for Protein: P53609

PGGT1B, Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta, humanhuman

Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PGGT1BP53609 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
PGGT1BP53609 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
PGGT1BP53609 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
PGGT1BP53609 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
PGGT1BP53609 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC25.49■■□□□ 1.67
PGGT1BP53609 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
PGGT1BP53609 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
PGGT1BP53609 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
PGGT1BP53609 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
PGGT1BP53609 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
PGGT1BP53609 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
PGGT1BP53609 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
PGGT1BP53609 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
PGGT1BP53609 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
PGGT1BP53609 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
PGGT1BP53609 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
PGGT1BP53609 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
PGGT1BP53609 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
PGGT1BP53609 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PGGT1BP53609 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PGGT1BP53609 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PGGT1BP53609 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PGGT1BP53609 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PGGT1BP53609 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
PGGT1BP53609 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 142.9 ms