Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC87Q9NVE4 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC87Q9NVE4 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC87Q9NVE4 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC33.59■■■□□ 2.97
CCDC87Q9NVE4 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC33.59■■■□□ 2.97
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC87Q9NVE4 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.97
CCDC87Q9NVE4 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
CCDC87Q9NVE4 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
CCDC87Q9NVE4 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC87Q9NVE4 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC87Q9NVE4 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC87Q9NVE4 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC33.55■■■□□ 2.96
CCDC87Q9NVE4 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC33.55■■■□□ 2.96
CCDC87Q9NVE4 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC33.54■■■□□ 2.96
CCDC87Q9NVE4 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC33.54■■■□□ 2.96
CCDC87Q9NVE4 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC87Q9NVE4 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC87Q9NVE4 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.51■■■□□ 2.96
CCDC87Q9NVE4 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC87Q9NVE4 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC87Q9NVE4 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC87Q9NVE4 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC87Q9NVE4 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC87Q9NVE4 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC87Q9NVE4 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC87Q9NVE4 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
CCDC87Q9NVE4 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
CCDC87Q9NVE4 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
CCDC87Q9NVE4 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC87Q9NVE4 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC87Q9NVE4 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC87Q9NVE4 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC87Q9NVE4 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC33.47■■■□□ 2.95
CCDC87Q9NVE4 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC87Q9NVE4 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC87Q9NVE4 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC87Q9NVE4 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC87Q9NVE4 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC87Q9NVE4 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC87Q9NVE4 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC33.43■■■□□ 2.94
CCDC87Q9NVE4 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC33.43■■■□□ 2.94
CCDC87Q9NVE4 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC33.43■■■□□ 2.94
CCDC87Q9NVE4 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CCDC87Q9NVE4 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC87Q9NVE4 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC87Q9NVE4 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
CCDC87Q9NVE4 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
CCDC87Q9NVE4 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.39■■■□□ 2.94
CCDC87Q9NVE4 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC33.39■■■□□ 2.94
CCDC87Q9NVE4 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC87Q9NVE4 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC87Q9NVE4 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC87Q9NVE4 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC87Q9NVE4 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC87Q9NVE4 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC87Q9NVE4 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC87Q9NVE4 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC87Q9NVE4 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
CCDC87Q9NVE4 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.35■■■□□ 2.93
CCDC87Q9NVE4 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
CCDC87Q9NVE4 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.35■■■□□ 2.93
CCDC87Q9NVE4 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
CCDC87Q9NVE4 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
CCDC87Q9NVE4 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC33.3■■■□□ 2.92
CCDC87Q9NVE4 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
CCDC87Q9NVE4 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC33.29■■■□□ 2.92
CCDC87Q9NVE4 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC33.28■■■□□ 2.92
CCDC87Q9NVE4 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC33.28■■■□□ 2.92
CCDC87Q9NVE4 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
CCDC87Q9NVE4 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
CCDC87Q9NVE4 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
CCDC87Q9NVE4 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
CCDC87Q9NVE4 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
CCDC87Q9NVE4 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC33.26■■■□□ 2.91
CCDC87Q9NVE4 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
CCDC87Q9NVE4 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
CCDC87Q9NVE4 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC33.25■■■□□ 2.91
CCDC87Q9NVE4 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC87Q9NVE4 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC87Q9NVE4 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC87Q9NVE4 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CCDC87Q9NVE4 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CCDC87Q9NVE4 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CCDC87Q9NVE4 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC87Q9NVE4 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC87Q9NVE4 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC87Q9NVE4 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC87Q9NVE4 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC87Q9NVE4 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
CCDC87Q9NVE4 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.2■■■□□ 2.91
CCDC87Q9NVE4 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC33.2■■■□□ 2.91
CCDC87Q9NVE4 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC87Q9NVE4 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
CCDC87Q9NVE4 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC33.18■■■□□ 2.9
CCDC87Q9NVE4 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.18■■■□□ 2.9
CCDC87Q9NVE4 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC33.17■■■□□ 2.9
CCDC87Q9NVE4 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC33.17■■■□□ 2.9
CCDC87Q9NVE4 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
CCDC87Q9NVE4 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC33.17■■■□□ 2.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms