Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
EXOSC4Q9NPD3 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
EXOSC4Q9NPD3 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
EXOSC4Q9NPD3 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
EXOSC4Q9NPD3 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
EXOSC4Q9NPD3 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
EXOSC4Q9NPD3 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
EXOSC4Q9NPD3 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
EXOSC4Q9NPD3 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
EXOSC4Q9NPD3 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
EXOSC4Q9NPD3 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
EXOSC4Q9NPD3 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
EXOSC4Q9NPD3 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
EXOSC4Q9NPD3 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
EXOSC4Q9NPD3 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
EXOSC4Q9NPD3 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
EXOSC4Q9NPD3 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
EXOSC4Q9NPD3 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
EXOSC4Q9NPD3 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
EXOSC4Q9NPD3 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
EXOSC4Q9NPD3 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
EXOSC4Q9NPD3 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
EXOSC4Q9NPD3 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
EXOSC4Q9NPD3 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
EXOSC4Q9NPD3 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
EXOSC4Q9NPD3 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
EXOSC4Q9NPD3 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
EXOSC4Q9NPD3 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
EXOSC4Q9NPD3 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
EXOSC4Q9NPD3 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
EXOSC4Q9NPD3 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.7 ms