Protein–RNA interactions for Protein: Q9BWF2

TRAIP, E3 ubiquitin-protein ligase TRAIP, humanhuman

Predictions only

Length 469 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAIPQ9BWF2 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
TRAIPQ9BWF2 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
TRAIPQ9BWF2 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
TRAIPQ9BWF2 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
TRAIPQ9BWF2 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
TRAIPQ9BWF2 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
TRAIPQ9BWF2 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
TRAIPQ9BWF2 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
TRAIPQ9BWF2 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
TRAIPQ9BWF2 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
TRAIPQ9BWF2 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
TRAIPQ9BWF2 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
TRAIPQ9BWF2 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
TRAIPQ9BWF2 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
TRAIPQ9BWF2 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
TRAIPQ9BWF2 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
TRAIPQ9BWF2 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TRAIPQ9BWF2 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
TRAIPQ9BWF2 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
TRAIPQ9BWF2 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
TRAIPQ9BWF2 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
TRAIPQ9BWF2 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
TRAIPQ9BWF2 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
TRAIPQ9BWF2 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
TRAIPQ9BWF2 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
TRAIPQ9BWF2 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TRAIPQ9BWF2 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.46■■■□□ 2.15
TRAIPQ9BWF2 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
TRAIPQ9BWF2 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
TRAIPQ9BWF2 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TRAIPQ9BWF2 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
TRAIPQ9BWF2 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
TRAIPQ9BWF2 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
TRAIPQ9BWF2 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TRAIPQ9BWF2 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
TRAIPQ9BWF2 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TRAIPQ9BWF2 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
TRAIPQ9BWF2 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
TRAIPQ9BWF2 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
TRAIPQ9BWF2 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
TRAIPQ9BWF2 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
TRAIPQ9BWF2 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
TRAIPQ9BWF2 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
TRAIPQ9BWF2 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
TRAIPQ9BWF2 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
TRAIPQ9BWF2 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
TRAIPQ9BWF2 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
TRAIPQ9BWF2 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
TRAIPQ9BWF2 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
TRAIPQ9BWF2 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
TRAIPQ9BWF2 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
TRAIPQ9BWF2 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TRAIPQ9BWF2 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
TRAIPQ9BWF2 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
TRAIPQ9BWF2 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
TRAIPQ9BWF2 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
TRAIPQ9BWF2 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
TRAIPQ9BWF2 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
TRAIPQ9BWF2 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
TRAIPQ9BWF2 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
TRAIPQ9BWF2 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
TRAIPQ9BWF2 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC28.25■■■□□ 2.11
TRAIPQ9BWF2 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
TRAIPQ9BWF2 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
TRAIPQ9BWF2 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
TRAIPQ9BWF2 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
TRAIPQ9BWF2 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
TRAIPQ9BWF2 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
TRAIPQ9BWF2 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
TRAIPQ9BWF2 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
TRAIPQ9BWF2 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
TRAIPQ9BWF2 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
TRAIPQ9BWF2 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
TRAIPQ9BWF2 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC28.19■■■□□ 2.1
TRAIPQ9BWF2 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
TRAIPQ9BWF2 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TRAIPQ9BWF2 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms