Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.83■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.83■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC39.82■■■■□ 3.96
TCOF1Q13428 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.82■■■■□ 3.96
TCOF1Q13428 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC39.79■■■■□ 3.96
TCOF1Q13428 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.78■■■■□ 3.96
TCOF1Q13428 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.78■■■■□ 3.96
TCOF1Q13428 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC39.78■■■■□ 3.96
TCOF1Q13428 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC39.76■■■■□ 3.96
TCOF1Q13428 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.75■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC39.74■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.72■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.72■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC39.72■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC39.71■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC39.71■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC39.71■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC39.7■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC39.7■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC39.7■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC39.69■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.69■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC39.68■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.68■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC39.68■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.67■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.67■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.66■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC39.66■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC39.65■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.65■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC39.65■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC39.64■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.63■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.63■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.63■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.62■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC39.61■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC39.61■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.61■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.61■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC39.6■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.58■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC39.57■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.56■■■■□ 3.92
TCOF1Q13428 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.55■■■■□ 3.92
TCOF1Q13428 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC39.55■■■■□ 3.92
TCOF1Q13428 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC39.53■■■■□ 3.92
TCOF1Q13428 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.53■■■■□ 3.92
TCOF1Q13428 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC39.52■■■■□ 3.92
TCOF1Q13428 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC39.52■■■■□ 3.92
TCOF1Q13428 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC39.5■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC39.5■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.5■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC39.5■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC39.49■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.49■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC39.49■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC39.47■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.47■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC39.47■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC39.46■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC39.46■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.45■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.45■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.45■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC39.45■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.45■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.45■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC39.44■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC39.44■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC39.44■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC39.43■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC39.43■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC39.43■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC39.42■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.41■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.4■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.4■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.4■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.39■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.39■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC39.38■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.38■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.37■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.37■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.37■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.35■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC39.35■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC39.35■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC39.34■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC39.34■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC39.34■■■■□ 3.89
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