Protein–RNA interactions for Protein: P58872

RHBDL3, Rhomboid-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RHBDL3P58872 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC31.28■■■□□ 2.6
RHBDL3P58872 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
RHBDL3P58872 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC31.27■■■□□ 2.6
RHBDL3P58872 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.27■■■□□ 2.6
RHBDL3P58872 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.6
RHBDL3P58872 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC31.26■■■□□ 2.6
RHBDL3P58872 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC31.26■■■□□ 2.59
RHBDL3P58872 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC31.26■■■□□ 2.59
RHBDL3P58872 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.26■■■□□ 2.59
RHBDL3P58872 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
RHBDL3P58872 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC31.23■■■□□ 2.59
RHBDL3P58872 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC31.23■■■□□ 2.59
RHBDL3P58872 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
RHBDL3P58872 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
RHBDL3P58872 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
RHBDL3P58872 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC31.21■■■□□ 2.59
RHBDL3P58872 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
RHBDL3P58872 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.58
RHBDL3P58872 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
RHBDL3P58872 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC31.18■■■□□ 2.58
RHBDL3P58872 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
RHBDL3P58872 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
RHBDL3P58872 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC31.17■■■□□ 2.58
RHBDL3P58872 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.16■■■□□ 2.58
RHBDL3P58872 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC31.15■■■□□ 2.58
RHBDL3P58872 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC31.15■■■□□ 2.58
RHBDL3P58872 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.15■■■□□ 2.58
RHBDL3P58872 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC31.15■■■□□ 2.58
RHBDL3P58872 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.14■■■□□ 2.58
RHBDL3P58872 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.14■■■□□ 2.58
RHBDL3P58872 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.13■■■□□ 2.57
RHBDL3P58872 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC31.13■■■□□ 2.57
RHBDL3P58872 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
RHBDL3P58872 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
RHBDL3P58872 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
RHBDL3P58872 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
RHBDL3P58872 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
RHBDL3P58872 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
RHBDL3P58872 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
RHBDL3P58872 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
RHBDL3P58872 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
RHBDL3P58872 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
RHBDL3P58872 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
RHBDL3P58872 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC31.05■■■□□ 2.56
RHBDL3P58872 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC31.04■■■□□ 2.56
RHBDL3P58872 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
RHBDL3P58872 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC31.03■■■□□ 2.56
RHBDL3P58872 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
RHBDL3P58872 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.03■■■□□ 2.56
RHBDL3P58872 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
RHBDL3P58872 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC31.02■■■□□ 2.56
RHBDL3P58872 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
RHBDL3P58872 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC31.02■■■□□ 2.56
RHBDL3P58872 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC31.01■■■□□ 2.56
RHBDL3P58872 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC31.01■■■□□ 2.55
RHBDL3P58872 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.01■■■□□ 2.55
RHBDL3P58872 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC31■■■□□ 2.55
RHBDL3P58872 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC31■■■□□ 2.55
RHBDL3P58872 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
RHBDL3P58872 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
RHBDL3P58872 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC30.98■■■□□ 2.55
RHBDL3P58872 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
RHBDL3P58872 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.97■■■□□ 2.55
RHBDL3P58872 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.97■■■□□ 2.55
RHBDL3P58872 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
RHBDL3P58872 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
RHBDL3P58872 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
RHBDL3P58872 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC30.96■■■□□ 2.55
RHBDL3P58872 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.95■■■□□ 2.55
RHBDL3P58872 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC30.95■■■□□ 2.55
RHBDL3P58872 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
RHBDL3P58872 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC30.95■■■□□ 2.55
RHBDL3P58872 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.54
RHBDL3P58872 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
RHBDL3P58872 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
RHBDL3P58872 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
RHBDL3P58872 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC30.94■■■□□ 2.54
RHBDL3P58872 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.93■■■□□ 2.54
RHBDL3P58872 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC30.93■■■□□ 2.54
RHBDL3P58872 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
RHBDL3P58872 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
RHBDL3P58872 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC30.92■■■□□ 2.54
RHBDL3P58872 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC30.92■■■□□ 2.54
RHBDL3P58872 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC30.91■■■□□ 2.54
RHBDL3P58872 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
RHBDL3P58872 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
RHBDL3P58872 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
RHBDL3P58872 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC30.89■■■□□ 2.54
RHBDL3P58872 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
RHBDL3P58872 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.89■■■□□ 2.54
RHBDL3P58872 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.89■■■□□ 2.53
RHBDL3P58872 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC30.89■■■□□ 2.53
RHBDL3P58872 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
RHBDL3P58872 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
RHBDL3P58872 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC30.88■■■□□ 2.53
RHBDL3P58872 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
RHBDL3P58872 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
RHBDL3P58872 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
RHBDL3P58872 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
RHBDL3P58872 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms