Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE4Q8N205 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC25■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
SYNE4Q8N205 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.6 ms