Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC40.37■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC40.37■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC40.37■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC40.36■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC40.36■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.35■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.35■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.34■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.34■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.33■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC40.32■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.31■■■■■ 4.04
TCOF1Q13428 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC40.31■■■■■ 4.04
TCOF1Q13428 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC40.3■■■■■ 4.04
TCOF1Q13428 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.28■■■■■ 4.04
TCOF1Q13428 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC40.28■■■■■ 4.04
TCOF1Q13428 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC40.27■■■■■ 4.04
TCOF1Q13428 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC40.26■■■■■ 4.03
TCOF1Q13428 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC40.25■■■■■ 4.03
TCOF1Q13428 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC40.25■■■■■ 4.03
TCOF1Q13428 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.23■■■■■ 4.03
TCOF1Q13428 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.23■■■■■ 4.03
TCOF1Q13428 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC40.22■■■■■ 4.03
TCOF1Q13428 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.2■■■■■ 4.03
TCOF1Q13428 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.2■■■■■ 4.03
TCOF1Q13428 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.19■■■■■ 4.03
TCOF1Q13428 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC40.19■■■■■ 4.03
TCOF1Q13428 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC40.18■■■■■ 4.02
TCOF1Q13428 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC40.18■■■■■ 4.02
TCOF1Q13428 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC40.17■■■■■ 4.02
TCOF1Q13428 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC40.17■■■■■ 4.02
TCOF1Q13428 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.17■■■■■ 4.02
TCOF1Q13428 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC40.16■■■■■ 4.02
TCOF1Q13428 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.15■■■■■ 4.02
TCOF1Q13428 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC40.14■■■■■ 4.02
TCOF1Q13428 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC40.13■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC40.12■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC40.12■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC40.12■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC40.12■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.11■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.11■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC40.1■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.08■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC40.07■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC40.07■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC40.07■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC40.07■■■■■ 4
TCOF1Q13428 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC40.07■■■■■ 4
TCOF1Q13428 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC40.06■■■■■ 4
TCOF1Q13428 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC40.06■■■■■ 4
TCOF1Q13428 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC40.06■■■■■ 4
TCOF1Q13428 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.05■■■■■ 4
TCOF1Q13428 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.04■■■■■ 4
TCOF1Q13428 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.04■■■■■ 4
TCOF1Q13428 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC40.04■■■■■ 4
TCOF1Q13428 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC40.03■■■■■ 4
TCOF1Q13428 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC40.03■■■■■ 4
TCOF1Q13428 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC40.03■■■■■ 4
TCOF1Q13428 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.02■■■■■ 4
TCOF1Q13428 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.01■■■■■ 4
TCOF1Q13428 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC40.01■■■■■ 4
TCOF1Q13428 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.01■■■■■ 4
TCOF1Q13428 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC40■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC40■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC39.99■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.98■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.98■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC39.98■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.98■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC39.96■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC39.96■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC39.95■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC39.95■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.94■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC39.94■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC39.94■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.94■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC39.94■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.94■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC39.93■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC39.93■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.92■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.92■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.91■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC39.91■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.91■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC39.89■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC39.89■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.89■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC39.87■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC39.87■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.86■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC39.86■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC39.85■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms