Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
COPB1P53618 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
COPB1P53618 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
COPB1P53618 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC28.78■■■□□ 2.2
COPB1P53618 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC28.77■■■□□ 2.2
COPB1P53618 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COPB1P53618 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
COPB1P53618 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
COPB1P53618 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
COPB1P53618 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
COPB1P53618 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COPB1P53618 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COPB1P53618 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
COPB1P53618 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COPB1P53618 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
COPB1P53618 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC28.73■■■□□ 2.19
COPB1P53618 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
COPB1P53618 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COPB1P53618 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
COPB1P53618 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COPB1P53618 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COPB1P53618 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COPB1P53618 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.19
COPB1P53618 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.19
COPB1P53618 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COPB1P53618 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COPB1P53618 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
COPB1P53618 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COPB1P53618 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
COPB1P53618 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COPB1P53618 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COPB1P53618 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
COPB1P53618 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
COPB1P53618 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
COPB1P53618 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
COPB1P53618 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
COPB1P53618 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
COPB1P53618 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
COPB1P53618 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
COPB1P53618 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
COPB1P53618 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
COPB1P53618 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
COPB1P53618 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
COPB1P53618 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
COPB1P53618 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
COPB1P53618 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
COPB1P53618 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
COPB1P53618 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
COPB1P53618 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
COPB1P53618 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
COPB1P53618 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
COPB1P53618 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
COPB1P53618 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
COPB1P53618 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
COPB1P53618 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
COPB1P53618 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
COPB1P53618 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
COPB1P53618 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
COPB1P53618 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
COPB1P53618 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
COPB1P53618 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
COPB1P53618 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
COPB1P53618 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
COPB1P53618 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
COPB1P53618 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
COPB1P53618 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
COPB1P53618 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
COPB1P53618 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COPB1P53618 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COPB1P53618 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COPB1P53618 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COPB1P53618 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
COPB1P53618 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
COPB1P53618 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COPB1P53618 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COPB1P53618 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COPB1P53618 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COPB1P53618 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COPB1P53618 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COPB1P53618 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COPB1P53618 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COPB1P53618 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COPB1P53618 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COPB1P53618 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COPB1P53618 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COPB1P53618 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COPB1P53618 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COPB1P53618 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COPB1P53618 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
COPB1P53618 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COPB1P53618 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COPB1P53618 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
COPB1P53618 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
COPB1P53618 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COPB1P53618 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COPB1P53618 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COPB1P53618 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COPB1P53618 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COPB1P53618 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
COPB1P53618 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.4 ms