Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SYNE4Q8N205 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SYNE4Q8N205 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SYNE4Q8N205 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SYNE4Q8N205 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SYNE4Q8N205 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SYNE4Q8N205 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SYNE4Q8N205 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SYNE4Q8N205 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.9 ms