Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.75
TRIM28Q13263 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
TRIM28Q13263 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.3 ms