Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
COPB1P53618 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
COPB1P53618 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
COPB1P53618 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COPB1P53618 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COPB1P53618 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COPB1P53618 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COPB1P53618 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
COPB1P53618 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COPB1P53618 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COPB1P53618 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COPB1P53618 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COPB1P53618 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COPB1P53618 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COPB1P53618 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COPB1P53618 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COPB1P53618 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COPB1P53618 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COPB1P53618 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COPB1P53618 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COPB1P53618 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COPB1P53618 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COPB1P53618 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COPB1P53618 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COPB1P53618 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COPB1P53618 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COPB1P53618 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COPB1P53618 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COPB1P53618 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COPB1P53618 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COPB1P53618 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COPB1P53618 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COPB1P53618 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COPB1P53618 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COPB1P53618 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COPB1P53618 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COPB1P53618 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COPB1P53618 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COPB1P53618 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COPB1P53618 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COPB1P53618 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COPB1P53618 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COPB1P53618 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COPB1P53618 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COPB1P53618 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COPB1P53618 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COPB1P53618 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COPB1P53618 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COPB1P53618 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
COPB1P53618 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COPB1P53618 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COPB1P53618 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COPB1P53618 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
COPB1P53618 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COPB1P53618 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COPB1P53618 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COPB1P53618 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COPB1P53618 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COPB1P53618 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COPB1P53618 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COPB1P53618 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COPB1P53618 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COPB1P53618 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COPB1P53618 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COPB1P53618 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COPB1P53618 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COPB1P53618 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COPB1P53618 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COPB1P53618 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COPB1P53618 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COPB1P53618 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COPB1P53618 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
COPB1P53618 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COPB1P53618 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COPB1P53618 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COPB1P53618 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
COPB1P53618 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COPB1P53618 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COPB1P53618 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COPB1P53618 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms