Protein–RNA interactions for Protein: P08572

COL4A2, Collagen alpha-2(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,712 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A2P08572 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL4A2P08572 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL4A2P08572 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL4A2P08572 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC27.64■■■□□ 2.01
COL4A2P08572 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC27.64■■■□□ 2.01
COL4A2P08572 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL4A2P08572 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC27.63■■■□□ 2.01
COL4A2P08572 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL4A2P08572 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL4A2P08572 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL4A2P08572 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A2P08572 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A2P08572 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A2P08572 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL4A2P08572 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
COL4A2P08572 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
COL4A2P08572 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL4A2P08572 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL4A2P08572 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL4A2P08572 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
COL4A2P08572 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
COL4A2P08572 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL4A2P08572 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
COL4A2P08572 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
COL4A2P08572 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL4A2P08572 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
COL4A2P08572 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL4A2P08572 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
COL4A2P08572 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COL4A2P08572 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
COL4A2P08572 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
COL4A2P08572 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL4A2P08572 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
COL4A2P08572 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL4A2P08572 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC27.52■■■□□ 2
COL4A2P08572 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL4A2P08572 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL4A2P08572 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL4A2P08572 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL4A2P08572 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL4A2P08572 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL4A2P08572 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
COL4A2P08572 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL4A2P08572 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL4A2P08572 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL4A2P08572 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
COL4A2P08572 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
COL4A2P08572 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
COL4A2P08572 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL4A2P08572 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL4A2P08572 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL4A2P08572 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL4A2P08572 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL4A2P08572 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL4A2P08572 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL4A2P08572 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL4A2P08572 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL4A2P08572 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
COL4A2P08572 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL4A2P08572 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL4A2P08572 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL4A2P08572 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL4A2P08572 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL4A2P08572 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL4A2P08572 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL4A2P08572 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL4A2P08572 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL4A2P08572 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL4A2P08572 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL4A2P08572 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
COL4A2P08572 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
COL4A2P08572 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL4A2P08572 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL4A2P08572 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL4A2P08572 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL4A2P08572 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL4A2P08572 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL4A2P08572 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL4A2P08572 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL4A2P08572 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL4A2P08572 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL4A2P08572 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL4A2P08572 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL4A2P08572 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL4A2P08572 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL4A2P08572 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
COL4A2P08572 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL4A2P08572 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL4A2P08572 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL4A2P08572 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL4A2P08572 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL4A2P08572 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL4A2P08572 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL4A2P08572 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL4A2P08572 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL4A2P08572 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL4A2P08572 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL4A2P08572 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL4A2P08572 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL4A2P08572 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.8 ms