Protein–RNA interactions for Protein: A2RU48

SMCO3, Single-pass membrane and coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 225 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMCO3A2RU48 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
SMCO3A2RU48 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms