Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COPB1P53618 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COPB1P53618 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
COPB1P53618 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COPB1P53618 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COPB1P53618 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.36
COPB1P53618 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
COPB1P53618 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
COPB1P53618 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
COPB1P53618 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
COPB1P53618 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COPB1P53618 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COPB1P53618 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COPB1P53618 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COPB1P53618 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COPB1P53618 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COPB1P53618 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COPB1P53618 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COPB1P53618 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COPB1P53618 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COPB1P53618 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COPB1P53618 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COPB1P53618 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COPB1P53618 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COPB1P53618 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COPB1P53618 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COPB1P53618 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COPB1P53618 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COPB1P53618 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COPB1P53618 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COPB1P53618 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
COPB1P53618 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
COPB1P53618 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COPB1P53618 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COPB1P53618 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COPB1P53618 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COPB1P53618 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COPB1P53618 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
COPB1P53618 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COPB1P53618 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COPB1P53618 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COPB1P53618 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COPB1P53618 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COPB1P53618 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COPB1P53618 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COPB1P53618 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COPB1P53618 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COPB1P53618 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COPB1P53618 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COPB1P53618 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COPB1P53618 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COPB1P53618 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COPB1P53618 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
COPB1P53618 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COPB1P53618 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COPB1P53618 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COPB1P53618 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COPB1P53618 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COPB1P53618 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COPB1P53618 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COPB1P53618 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COPB1P53618 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COPB1P53618 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COPB1P53618 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COPB1P53618 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COPB1P53618 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COPB1P53618 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
COPB1P53618 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
COPB1P53618 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COPB1P53618 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COPB1P53618 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COPB1P53618 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COPB1P53618 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COPB1P53618 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COPB1P53618 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COPB1P53618 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COPB1P53618 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COPB1P53618 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COPB1P53618 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 114.7 ms