Protein–RNA interactions for Protein: Q8NE71

ABCF1, ATP-binding cassette sub-family F member 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 845 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ABCF1Q8NE71 RABGGTB-210ENST00000485459 788 ntTSL 55.69□□□□□ -1.53e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 RABGGTB-202ENST00000370826 512 ntTSL 2 BASIC5.15□□□□□ -1.593e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 RABGGTB-211ENST00000489450 586 ntTSL 54.31□□□□□ -1.723e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.392e-28■■□□□ 14
ABCF1Q8NE71 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.172e-28■■□□□ 14
ABCF1Q8NE71 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.822e-28■■□□□ 14
ABCF1Q8NE71 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.72e-28■■□□□ 14
ABCF1Q8NE71 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.72e-28■■□□□ 14
ABCF1Q8NE71 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.692e-28■■□□□ 14
ABCF1Q8NE71 C6orf48-202ENST00000375635 610 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.742e-28■■□□□ 14
ABCF1Q8NE71 C6orf48-209ENST00000395789 952 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.69■□□□□ 0.742e-28■■□□□ 14
ABCF1Q8NE71 C6orf48-201ENST00000375633 586 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.4□□□□□ -0.582e-28■■□□□ 14
ABCF1Q8NE71 SNORD48-201ENST00000364953 64 ntBASIC2.22□□□□□ -2.052e-28■■□□□ 14
ABCF1Q8NE71 HFM1-204ENST00000448819 540 ntTSL 514.36□□□□□ -0.112e-6■■□□□ 13.8
ABCF1Q8NE71 HFM1-202ENST00000427444 672 ntTSL 57.05□□□□□ -1.282e-6■■□□□ 13.8
ABCF1Q8NE71 HFM1-208ENST00000488023 1699 ntTSL 54.34□□□□□ -1.712e-6■■□□□ 13.8
ABCF1Q8NE71 HFM1-207ENST00000481900 2020 ntTSL 54.04□□□□□ -1.762e-6■■□□□ 13.8
ABCF1Q8NE71 HFM1-201ENST00000370425 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.03□□□□□ -2.082e-6■■□□□ 13.8
ABCF1Q8NE71 MAN2A2-206ENST00000558290 1049 ntTSL 526.78■■□□□ 1.884e-7■■□□□ 13.6
ABCF1Q8NE71 MAN2A2-223ENST00000560534 361 ntTSL 525.07■■□□□ 1.64e-7■■□□□ 13.6
ABCF1Q8NE71 MAN2A2-210ENST00000558853 624 ntTSL 324.36■■□□□ 1.494e-7■■□□□ 13.6
ABCF1Q8NE71 MAN2A2-221ENST00000560451 5124 ntTSL 1 (best)24.21■■□□□ 1.474e-7■■□□□ 13.6
ABCF1Q8NE71 MAN2A2-218ENST00000559999 529 ntTSL 422.96■■□□□ 1.274e-7■■□□□ 13.6
ABCF1Q8NE71 MAN2A2-216ENST00000559717 6704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.884e-7■■□□□ 13.6
ABCF1Q8NE71 MAN2A2-204ENST00000558161 4918 ntTSL 1 (best)14.85□□□□□ -0.034e-7■■□□□ 13.6
ABCF1Q8NE71 SNRNP200-201ENST00000323853 7165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.274e-6■■□□□ 13.4
ABCF1Q8NE71 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC33.48■■■□□ 2.953e-6■■□□□ 13.1
ABCF1Q8NE71 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.618e-7■■□□□ 13
ABCF1Q8NE71 EIF1AX-201ENST00000379593 765 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.332e-8■■□□□ 12.9
ABCF1Q8NE71 EIF1AX-202ENST00000379607 4427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.482e-8■■□□□ 12.9
ABCF1Q8NE71 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.654e-6■■□□□ 12.7
ABCF1Q8NE71 RABL6-210ENST00000484471 2746 ntTSL 524.23■■□□□ 1.474e-6■■□□□ 12.7
ABCF1Q8NE71 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.084e-6■■□□□ 12.7
ABCF1Q8NE71 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.074e-6■■□□□ 12.7
ABCF1Q8NE71 RABL6-208ENST00000464941 3361 ntTSL 220.91■□□□□ 0.944e-6■■□□□ 12.7
ABCF1Q8NE71 HSPA9-212ENST00000523929 780 ntTSL 421.58■■□□□ 1.051e-39■■□□□ 12.6
ABCF1Q8NE71 HSPA9-207ENST00000507097 1796 ntTSL 217.74■□□□□ 0.431e-39■■□□□ 12.6
ABCF1Q8NE71 HSPA9-210ENST00000508003 582 ntTSL 216.81■□□□□ 0.281e-39■■□□□ 12.6
ABCF1Q8NE71 HSPA9-201ENST00000297185 3321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.231e-39■■□□□ 12.6
ABCF1Q8NE71 HSPA9-202ENST00000501917 275 ntTSL 34.51□□□□□ -1.691e-39■■□□□ 12.6
ABCF1Q8NE71 SNORD63-201ENST00000384262 68 ntBASIC2.82□□□□□ -1.961e-39■■□□□ 12.6
ABCF1Q8NE71 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.622e-6■■□□□ 12.5
ABCF1Q8NE71 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.032e-6■■□□□ 12.5
ABCF1Q8NE71 PTPN23-205ENST00000495653 676 ntTSL 220.77■□□□□ 0.922e-6■■□□□ 12.5
ABCF1Q8NE71 PTPN23-201ENST00000265562 5244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.292e-6■■□□□ 12.5
ABCF1Q8NE71 PTPN23-206ENST00000602307 5119 ntTSL 214.78□□□□□ -0.042e-6■■□□□ 12.5
ABCF1Q8NE71 EIF3B-209ENST00000468250 602 ntTSL 211.4□□□□□ -0.582e-6■■□□□ 12.5
ABCF1Q8NE71 EIF3B-205ENST00000463026 633 ntTSL 211.05□□□□□ -0.642e-6■■□□□ 12.5
ABCF1Q8NE71 EIF3B-206ENST00000463229 552 ntTSL 56.34□□□□□ -1.392e-6■■□□□ 12.5
ABCF1Q8NE71 DAZAP1-204ENST00000586579 619 ntTSL 333.8■■■■□ 31e-6■■□□□ 12.4
ABCF1Q8NE71 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC32.71■■■□□ 2.831e-6■■□□□ 12.4
ABCF1Q8NE71 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.26■■■□□ 2.61e-6■■□□□ 12.4
ABCF1Q8NE71 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.321e-6■■□□□ 12.4
ABCF1Q8NE71 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.051e-6■■□□□ 12.4
ABCF1Q8NE71 DAZAP1-210ENST00000592453 1021 ntTSL 520.72■□□□□ 0.911e-6■■□□□ 12.4
ABCF1Q8NE71 LENG8-209ENST00000616932 2825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.053e-8■■□□□ 12.1
ABCF1Q8NE71 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.943e-8■■□□□ 12.1
ABCF1Q8NE71 LENG8-205ENST00000439657 1073 ntTSL 519.84■□□□□ 0.773e-8■■□□□ 12.1
ABCF1Q8NE71 LENG8-208ENST00000610347 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.643e-8■■□□□ 12.1
ABCF1Q8NE71 LENG8-201ENST00000326764 3991 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.313e-8■■□□□ 12.1
ABCF1Q8NE71 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.681e-15■■□□□ 12.1
ABCF1Q8NE71 RPS12-202ENST00000484616 639 ntTSL 26.09□□□□□ -1.431e-15■■□□□ 12.1
ABCF1Q8NE71 SNORD101-201ENST00000384027 73 ntBASIC0.56□□□□□ -2.321e-15■■□□□ 12.1
ABCF1Q8NE71 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.233e-6■■□□□ 12.1
ABCF1Q8NE71 GPI-208ENST00000588991 2021 ntTSL 227.38■■□□□ 1.973e-6■■□□□ 12.1
ABCF1Q8NE71 GPI-205ENST00000586425 1799 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.763e-6■■□□□ 12.1
ABCF1Q8NE71 GPI-202ENST00000415930 4000 ntTSL 2 BASIC10.38□□□□□ -0.753e-6■■□□□ 12.1
ABCF1Q8NE71 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC38.3■■■■□ 3.723e-6■■□□□ 12
ABCF1Q8NE71 RANBP1-207ENST00000423859 832 ntTSL 327.49■■□□□ 1.993e-6■■□□□ 12
ABCF1Q8NE71 RANBP1-210ENST00000435265 1879 ntTSL 227.44■■□□□ 1.983e-6■■□□□ 12
ABCF1Q8NE71 RANBP1-213ENST00000486575 2177 ntTSL 227.39■■□□□ 1.983e-6■■□□□ 12
ABCF1Q8NE71 RANBP1-205ENST00000418705 932 ntTSL 325.08■■□□□ 1.613e-6■■□□□ 12
ABCF1Q8NE71 RANBP1-203ENST00000411892 584 ntTSL 221.99■■□□□ 1.113e-6■■□□□ 12
ABCF1Q8NE71 RANBP1-201ENST00000331821 837 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.13e-6■■□□□ 12
ABCF1Q8NE71 RANBP1-211ENST00000448394 688 ntTSL 221.43■■□□□ 1.023e-6■■□□□ 12
ABCF1Q8NE71 RANBP1-208ENST00000430524 1389 ntTSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.953e-6■■□□□ 12
ABCF1Q8NE71 snoU2-30.2-201ENST00000362805 70 ntBASIC2.52□□□□□ -2.018e-83■■□□□ 11.8
ABCF1Q8NE71 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC35.21■■■■□ 3.232e-9■■□□□ 11.8
ABCF1Q8NE71 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.792e-9■■□□□ 11.8
ABCF1Q8NE71 PPAN-205ENST00000446223 844 ntTSL 327.71■■■□□ 2.032e-9■■□□□ 11.8
ABCF1Q8NE71 PPAN-206ENST00000466025 523 ntTSL 226.57■■□□□ 1.842e-9■■□□□ 11.8
ABCF1Q8NE71 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.392e-9■■□□□ 11.8
ABCF1Q8NE71 PPAN-P2RY11-202ENST00000428358 2661 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.072e-9■■□□□ 11.8
ABCF1Q8NE71 SNORD105B-201ENST00000458770 79 ntBASIC5.48□□□□□ -1.532e-9■■□□□ 11.8
ABCF1Q8NE71 AGRN-201ENST00000379370 7323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.426e-7■■□□□ 11.5
ABCF1Q8NE71 AGRN-210ENST00000620552 7394 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.376e-7■■□□□ 11.5
ABCF1Q8NE71 EIF3B-204ENST00000431643 1074 ntTSL 525.24■■□□□ 1.633e-6■■□□□ 11.4
ABCF1Q8NE71 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.373e-6■■□□□ 11.4
ABCF1Q8NE71 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.143e-6■■□□□ 11.4
ABCF1Q8NE71 TCF3-210ENST00000587235 986 ntTSL 538.35■■■■□ 3.732e-9■□□□□ 11.3
ABCF1Q8NE71 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.95■■■■□ 3.191e-6■□□□□ 11.3
ABCF1Q8NE71 OPLAH-201ENST00000527993 635 ntTSL 533.07■■■□□ 2.881e-6■□□□□ 11.3
ABCF1Q8NE71 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.862e-9■□□□□ 11.3
ABCF1Q8NE71 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC25.79■■□□□ 1.728e-6■□□□□ 11.3
ABCF1Q8NE71 PAFAH1B1-211ENST00000576586 557 ntTSL 425.07■■□□□ 1.68e-6■□□□□ 11.3
ABCF1Q8NE71 SEMA4C-203ENST00000449330 839 ntTSL 321.74■■□□□ 1.078e-6■□□□□ 11.3
ABCF1Q8NE71 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.972e-9■□□□□ 11.3
ABCF1Q8NE71 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.888e-6■□□□□ 11.3
ABCF1Q8NE71 snoU2_19.4-201ENST00000364329 80 ntBASIC2.29□□□□□ -2.043e-50■□□□□ 11.3
ABCF1Q8NE71 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.042e-6■□□□□ 11.2
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