Protein–RNA interactions for Protein: Q8N8U3

RTL3, Retrotransposon Gag-like protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 475 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTL3Q8N8U3 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
RTL3Q8N8U3 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
RTL3Q8N8U3 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 84.7 ms