Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC28.05■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC28.01■■■□□ 2.08
TRIM28Q13263 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC28■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms