Protein–RNA interactions for Protein: P0CI25

TRIM49, Tripartite motif-containing protein 49, humanhuman

Predictions only

Length 452 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM49P0CI25 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM49P0CI25 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM49P0CI25 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.4 ms