Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
DDX28Q9NUL7 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
DDX28Q9NUL7 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
DDX28Q9NUL7 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 134 ms