Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC24.91■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
PCIF1Q9H4Z3 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
PCIF1Q9H4Z3 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms