Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC25.12■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
PCIF1Q9H4Z3 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
PCIF1Q9H4Z3 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.2 ms