Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP49Q70CQ1 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP49Q70CQ1 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP49Q70CQ1 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
USP49Q70CQ1 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP49Q70CQ1 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP49Q70CQ1 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP49Q70CQ1 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP49Q70CQ1 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP49Q70CQ1 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP49Q70CQ1 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP49Q70CQ1 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP49Q70CQ1 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP49Q70CQ1 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP49Q70CQ1 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP49Q70CQ1 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
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