Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LHX3Q9UBR4 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LHX3Q9UBR4 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LHX3Q9UBR4 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms