Protein–RNA interactions for Protein: O95639

CPSF4, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 269 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF4O95639 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CPSF4O95639 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.4 ms