Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CPSF3Q9UKF6 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms