Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC29.41■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC29.41■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC29.38■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC29.35■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC29.34■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC29.34■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC29.34■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC29.33■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
TRIM28Q13263 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC29.31■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC29.3■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
TRIM28Q13263 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
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