Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
SDC1P18827 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SDC1P18827 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SDC1P18827 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SDC1P18827 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC1P18827 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC1P18827 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC1P18827 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC1P18827 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC1P18827 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC1P18827 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC1P18827 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC1P18827 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC1P18827 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC1P18827 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC1P18827 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC1P18827 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC1P18827 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC1P18827 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDC1P18827 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SDC1P18827 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SDC1P18827 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SDC1P18827 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SDC1P18827 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SDC1P18827 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SDC1P18827 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SDC1P18827 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SDC1P18827 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SDC1P18827 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SDC1P18827 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SDC1P18827 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC1P18827 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC1P18827 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC1P18827 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC1P18827 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC1P18827 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC1P18827 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC1P18827 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC1P18827 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC1P18827 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC1P18827 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC1P18827 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC1P18827 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC1P18827 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC1P18827 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC1P18827 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDC1P18827 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SDC1P18827 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SDC1P18827 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SDC1P18827 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SDC1P18827 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SDC1P18827 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SDC1P18827 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SDC1P18827 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SDC1P18827 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SDC1P18827 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SDC1P18827 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SDC1P18827 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SDC1P18827 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SDC1P18827 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SDC1P18827 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SDC1P18827 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SDC1P18827 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SDC1P18827 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SDC1P18827 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC1P18827 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC1P18827 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC1P18827 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC1P18827 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC1P18827 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC1P18827 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC1P18827 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC1P18827 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC1P18827 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC1P18827 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC1P18827 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC1P18827 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC1P18827 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDC1P18827 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SDC1P18827 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SDC1P18827 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SDC1P18827 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SDC1P18827 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SDC1P18827 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SDC1P18827 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SDC1P18827 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SDC1P18827 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SDC1P18827 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SDC1P18827 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SDC1P18827 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SDC1P18827 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SDC1P18827 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SDC1P18827 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SDC1P18827 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SDC1P18827 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SDC1P18827 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SDC1P18827 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SDC1P18827 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SDC1P18827 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SDC1P18827 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51 ms