Protein–RNA interactions for Protein: H7C350

CCDC188, Coiled-coil domain-containing protein 188, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC188H7C350 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC188H7C350 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC188H7C350 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC188H7C350 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC188H7C350 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC188H7C350 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC188H7C350 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC188H7C350 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC188H7C350 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC188H7C350 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC188H7C350 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC188H7C350 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC188H7C350 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC188H7C350 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC188H7C350 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC188H7C350 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC188H7C350 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC188H7C350 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC188H7C350 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC188H7C350 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC188H7C350 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC188H7C350 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78.6 ms