Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
CPSF3Q9UKF6 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
CPSF3Q9UKF6 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.5 ms