Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRP4

PAAF1, Proteasomal ATPase-associated factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 392 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PAAF1Q9BRP4 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC25.42■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC25.39■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC25.39■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC25.39■■□□□ 1.66
PAAF1Q9BRP4 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC25.35■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC25.35■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
PAAF1Q9BRP4 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
PAAF1Q9BRP4 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
PAAF1Q9BRP4 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
PAAF1Q9BRP4 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
PAAF1Q9BRP4 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
PAAF1Q9BRP4 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
PAAF1Q9BRP4 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
PAAF1Q9BRP4 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
PAAF1Q9BRP4 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.3 ms