Protein–RNA interactions for Protein: Q53GD3

SLC44A4, Choline transporter-like protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 710 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SLC44A4Q53GD3 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SLC44A4Q53GD3 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SLC44A4Q53GD3 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SLC44A4Q53GD3 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.5 ms