Protein–RNA interactions for Protein: P55347

PKNOX1, Homeobox protein PKNOX1, humanhuman

Predictions only

Length 436 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1P55347 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
PKNOX1P55347 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
PKNOX1P55347 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC22.95■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
PKNOX1P55347 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 80.8 ms