Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SHMT2P34897 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SHMT2P34897 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
SHMT2P34897 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SHMT2P34897 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms