Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC26.09■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
PCIF1Q9H4Z3 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
PCIF1Q9H4Z3 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
PCIF1Q9H4Z3 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms