Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 RPS18-234ENST00000476222 685 ntTSL 1 (best)10.84□□□□□ -0.679e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 RPS18-235ENST00000479802 413 ntTSL 210.84□□□□□ -0.679e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 CTSC-201ENST00000227266 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.7□□□□□ -0.79e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 CTSC-203ENST00000524463 6125 ntTSL 1 (best) BASIC10.58□□□□□ -0.729e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 TIMM17A-201ENST00000367287 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.46□□□□□ -0.749e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 RPS18-231ENST00000472218 1109 ntTSL 210.43□□□□□ -0.749e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 CTSC-206ENST00000529974 747 ntTSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.759e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 CTSC-207ENST00000533865 542 ntTSL 410.25□□□□□ -0.779e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 CTSC-204ENST00000527018 733 ntTSL 59.68□□□□□ -0.869e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 RPS18-232ENST00000474626 639 ntTSL 39.63□□□□□ -0.879e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 RPS18-237ENST00000496813 642 ntTSL 29.63□□□□□ -0.879e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 PRPF40A-208ENST00000472760 243 ntTSL 27.23□□□□□ -1.259e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 TIMM17A-203ENST00000482943 2523 ntTSL 26.23□□□□□ -1.419e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 TIMM17A-202ENST00000478378 821 ntTSL 35.97□□□□□ -1.459e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.099e-7■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 LYAR-202ENST00000452476 1468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.84□□□□□ -0.679e-7■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.073e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 NUP214-203ENST00000451030 5021 ntTSL 1 (best) BASIC10.92□□□□□ -0.663e-10■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 NUP214-201ENST00000359428 7600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.4□□□□□ -1.063e-10■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 NUP214-202ENST00000411637 7538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.67□□□□□ -1.183e-10■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 NUP214-224ENST00000530863 560 ntTSL 55.11□□□□□ -1.593e-10■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 MAPK1-201ENST00000215832 11022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.22□□□□□ -0.773e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 RBM14-207ENST00000461478 693 ntTSL 219.63■□□□□ 0.737e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.657e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 RBM14-RBM4-202ENST00000421355 2034 ntTSL 218.47■□□□□ 0.557e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.347e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.27e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 RBM14-201ENST00000310137 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -07e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 RBM14-205ENST00000443702 732 ntTSL 3 BASIC12.34□□□□□ -0.437e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 RBM14-204ENST00000409738 372 ntTSL 1 (best) BASIC12.25□□□□□ -0.457e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 RBM14-RBM4-204ENST00000511114 523 ntTSL 411.61□□□□□ -0.557e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 RBM14-203ENST00000409372 876 ntTSL 2 BASIC11.39□□□□□ -0.597e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 RBM14-208ENST00000496694 562 ntTSL 56.58□□□□□ -1.367e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 NARS-207ENST00000587675 1002 ntTSL 215.24■□□□□ 0.032e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 NARS-202ENST00000411676 1097 ntTSL 212.25□□□□□ -0.452e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 NARS-206ENST00000587366 515 ntTSL 412.25□□□□□ -0.452e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 NARS-201ENST00000256854 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.542e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 NARS-203ENST00000540592 937 ntTSL 211.37□□□□□ -0.592e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 NARS-212ENST00000591599 584 ntTSL 511.37□□□□□ -0.592e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 NARS-205ENST00000587194 562 ntTSL 411.37□□□□□ -0.592e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 NARS-204ENST00000586807 1608 ntTSL 211.24□□□□□ -0.612e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 NARS-208ENST00000588661 582 ntTSL 59.43□□□□□ -0.92e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 NARS-211ENST00000590123 463 ntTSL 59.01□□□□□ -0.972e-6■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 PNISR-207ENST00000478777 2422 ntTSL 29□□□□□ -0.975e-10■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 PNISR-209ENST00000492294 652 ntTSL 36.65□□□□□ -1.345e-10■■□□□ 12.4
CPSF6Q16630 HSP90B1-206ENST00000550479 698 ntTSL 26.73□□□□□ -1.332e-15■■□□□ 12.3
CPSF6Q16630 ATAD2-201ENST00000287394 5565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.452e-12■■□□□ 12.2
CPSF6Q16630 ATAD2-202ENST00000517666 4995 ntTSL 512.16□□□□□ -0.462e-12■■□□□ 12.2
CPSF6Q16630 ATAD2-204ENST00000521496 3133 ntTSL 1 (best)10.21□□□□□ -0.772e-12■■□□□ 12.2
CPSF6Q16630 ATAD2-205ENST00000521903 5143 ntTSL 1 (best) BASIC8.72□□□□□ -1.012e-12■■□□□ 12.2
CPSF6Q16630 ATAD2-203ENST00000519124 4650 ntTSL 1 (best)6.43□□□□□ -1.382e-12■■□□□ 12.2
CPSF6Q16630 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.771e-7■■□□□ 12.2
CPSF6Q16630 DNAJC2-206ENST00000454277 854 ntTSL 512.9□□□□□ -0.341e-6■■□□□ 12.2
CPSF6Q16630 SSB-209ENST00000470621 440 ntTSL 39.05□□□□□ -0.967e-8■■□□□ 12.2
CPSF6Q16630 SSB-210ENST00000474273 735 ntTSL 28.7□□□□□ -1.027e-8■■□□□ 12.2
CPSF6Q16630 SSB-211ENST00000490914 754 ntTSL 58.54□□□□□ -1.047e-8■■□□□ 12.2
CPSF6Q16630 DNAJC2-210ENST00000483637 373 ntTSL 37.75□□□□□ -1.171e-6■■□□□ 12.2
CPSF6Q16630 AC015813.2-201ENST00000578794 711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC4.58□□□□□ -1.682e-10■■□□□ 12.2
CPSF6Q16630 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.652e-8■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.475e-6■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.15e-6■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 SLU7-204ENST00000520664 807 ntTSL 1 (best)14.5□□□□□ -0.095e-6■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 SLU7-202ENST00000518268 691 ntTSL 311.7□□□□□ -0.545e-6■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 TFRC-204ENST00000421258 524 ntTSL 311.46□□□□□ -0.575e-6■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 SLU7-203ENST00000519349 577 ntTSL 39.46□□□□□ -0.95e-6■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 SLU7-208ENST00000521826 568 ntTSL 49.13□□□□□ -0.955e-6■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 CCDC59-203ENST00000548126 984 ntTSL 28.93□□□□□ -0.985e-6■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 TFRC-208ENST00000464011 546 ntTSL 48.85□□□□□ -0.995e-6■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 CCDC59-205ENST00000552377 563 ntTSL 58.65□□□□□ -1.025e-6■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 FAM216A-204ENST00000547539 1384 ntTSL 27.81□□□□□ -1.162e-8■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 FAM216A-203ENST00000546396 792 ntTSL 56.17□□□□□ -1.422e-8■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 ATRX-209ENST00000623242 725 ntTSL 35.7□□□□□ -1.55e-6■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 ATRX-201ENST00000373344 11220 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5.28□□□□□ -1.565e-6■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 SLU7-206ENST00000521190 577 ntTSL 25.06□□□□□ -1.65e-6■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 ATRX-202ENST00000395603 10218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.89□□□□□ -1.635e-6■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 CCDC59-204ENST00000550589 2101 ntTSL 24.24□□□□□ -1.735e-6■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 ATRX-206ENST00000480283 10455 ntTSL 1 (best)3.66□□□□□ -1.825e-6■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.374e-8■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 PRKCB-201ENST00000303531 7969 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.174e-8■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.466e-8■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.376e-8■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 CCDC136-203ENST00000459946 624 ntAPPRIS ALT2 TSL 322.49■■□□□ 1.196e-8■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 CCDC136-213ENST00000488925 552 ntAPPRIS ALT2 TSL 417.5■□□□□ 0.396e-8■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 CCDC136-211ENST00000485998 723 ntAPPRIS ALT2 TSL 515.81■□□□□ 0.126e-8■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.096e-8■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 CCDC136-201ENST00000297788 4169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.62□□□□□ -0.876e-8■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 SET-208ENST00000477806 957 ntTSL 1 (best)10.51□□□□□ -0.731e-11■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 CELF1-201ENST00000310513 4583 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.141e-6■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 CELF1-204ENST00000395290 7666 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC11.79□□□□□ -0.521e-6■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 WDR75-203ENST00000436347 2703 ntTSL 28.41□□□□□ -1.066e-7■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 WDR75-201ENST00000314761 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.23□□□□□ -1.096e-7■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 WDR75-202ENST00000427960 4297 ntTSL 1 (best)3.8□□□□□ -1.86e-7■■□□□ 12.1
CPSF6Q16630 SLTM-203ENST00000432750 2383 ntTSL 511.81□□□□□ -0.522e-6■■□□□ 12
CPSF6Q16630 TXNIP-204ENST00000582401 2926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.13□□□□□ -1.272e-28■■□□□ 12
CPSF6Q16630 ZNF117-201ENST00000282869 9080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.83□□□□□ -1.643e-10■■□□□ 11.9
CPSF6Q16630 HEXIM1-201ENST00000332499 3600 ntAPPRIS P1 BASIC12.38□□□□□ -0.434e-7■■□□□ 11.9
CPSF6Q16630 ZFP62-203ENST00000506377 725 ntTSL 1 (best)14.58□□□□□ -0.083e-6■■□□□ 11.8
CPSF6Q16630 ZFP62-207ENST00000512132 4010 ntTSL 2 BASIC7.06□□□□□ -1.283e-6■■□□□ 11.8
CPSF6Q16630 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.662e-8■■□□□ 11.8
CPSF6Q16630 AK6-201ENST00000380818 1183 ntTSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.162e-8■■□□□ 11.8
Retrieved 100 of 2,582 protein–RNA pairs in 255 ms